Diversité de l'abricotier sauvage à l'échelle phénotypique de deux loci et du génome complet - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2014

Diversité de l'abricotier sauvage à l'échelle phénotypique de deux loci et du génome complet

Marie Lepert
  • Fonction : Auteur

Résumé

The most critical challenges in apricot production are the current uncontrolled spread of Plum Pox Virus (agent of the sharka disease) and the potential loss of production associated with insufficient winter chilling due to global warming. The only solution would be to develop new apricot varieties resistant to sharka and requiring lower winter cold treatment. Apricot (Prunus armeniaca) originates from Central Asia where it still exists in natural populations. This study consisted in the characterization of the wild apricot genetic diversity and its phylogenetic structure in order to estimate its potential in future breeding programs. To tackle these specific aims, we scored and analyzed bud-burst phenotypic variability as well as genetic variation at two loci of agronomical interest (SI self-incompatibility and PPVres loci). This work was completed by the analysis of 21 SSR and 2076 SNP markers distributed all over the apricot genome. Our results evidenced that bud-burst is dependent on the geographic origin of the apricot accessions and that the SI mutation associated with self-compatibility most probably appeared during domestication. We also showed a high frequency of favorable alleles linked to resistance to sharka and a significantly high, genome-wide, genetic diversity in the wild compartment. Natural populations clearly differentiate from the cultivated forms while displaying a low phylogenetic structure, which is an advantage for future association studies.
Le réchauffement climatique et le développement de la sharka ont une forte incidence sur le devenir de la production d’abricots. Il est donc indispensable de créer des variétés adaptées et résistantes au virus de la sharka. L’étude réalisée ici a pour but de caractériser la structure génétique du compartiment sauvage abricotier afin d’estimer son potentiel pour répondre aux besoins des sélectionneurs. Pour cela, nous avons étudié la variabilité phénotypique en lien avec le débourrement végétatif, la variabilité génotypique de deux loci d’intérêt (SI lié à l’auto-incompatibilité et PPVres, contrôlant la résistance à la sharka) ainsi que la diversité génétique à l’aide de marqueurs neutres, soient 21 SSRs et 2076 SNPs. Nous avons ainsi pu montrer que le débourrement est fonction de l’origine géographique, plus précisément latitudinale, de l’accession. L’auto-compatibilité, quant à elle, n’est observée que chez les individus cultivés et serait donc apparue plus tardivement, durant la domestication. Par contre, les populations naturelles d’abricotiers présentent des fréquences significativement élevées d’allèles liés à la résistance à la sharka et représentent donc un pool de géniteurs potentiels. Concernant la diversité au sens large et la structuration des populations naturelles, nous remarquons qu’elles se distinguent nettement du matériel cultivé et qu’elles présentent une diversité élevée mais qu’elles sont relativement peu structurées, ce qui sera un avantage lors de la mise en place de programmes d’association génétique au niveau pangénomique.
Fichier principal
Vignette du fichier
2014 Lepert Marie.pdf (4.81 Mo) Télécharger le fichier
Loading...

Dates et versions

dumas-01093362 , version 1 (10-12-2014)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01093362 , version 1

Citer

Marie Lepert. Diversité de l'abricotier sauvage à l'échelle phénotypique de deux loci et du génome complet. Sciences agricoles. 2014. ⟨dumas-01093362⟩
204 Consultations
569 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More