Représentation des diagnostics de tumeurs utilisés par les registres des cancers par l’intermédiaire du NCI thesaurus : évaluation de cette terminologie comme outil pour l’utilisation conjointe de données en cancérologie - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2015

Representation of tumor diagnostics used by cancer registries through the NCI Thesaurus: evaluation of this terminology as a tool for cancer data joint use

Représentation des diagnostics de tumeurs utilisés par les registres des cancers par l’intermédiaire du NCI thesaurus : évaluation de cette terminologie comme outil pour l’utilisation conjointe de données en cancérologie

Résumé

Background: Several terminologies are routinely used to encode cancer diagnosis. To conjoint use information coming from several sources, it is necessary to be able to map similar diagnoses, encoded with those different terminologies, ie to attach under one concept different codes, without change or loss of information. The NCI thesaurus (NCIt) seemed to be a good foundation to develop a pivot terminology, to consensually represent in a centralized way the concepts from different diagnostic terminologies in oncology. The ICDO was chosen to begin the mapping work towards this target terminology. Objective: The objective was to evaluate the possibility of representing the diagnostic data from a general cancers register of adult through the NCIt concepts, using a validated mapping previously established between ICDO and NCIt and relationships between NCIt concepts. Method: The first phase involved developing a mapping from ICDO to NCIt. The second phase focused on evaluating the possibility of representing the actual diagnoses of General Cancer Registry of the Gironde (RGCG), coded ICDO, with the nCit precoordinated concepts. For each phase, a manual validation by a team of physicians was performed. Results: On January 31, 2015, the validation by the team of doctors had yielded 605 valid mappings of an ICDO code to a NCIt code (40,3% of the 1500 ICDO codes). There were 21 694 tumors (52,20% of the 41,553 tumors registrated by the RGCG during the inclusion period) with a complete mapping of their diagnosis. A total of 7822 tumors (18.8% of the 41,553 tumors registrated by the RGCG) had a diagnosis that pointed to a valid NCIt pre-coordinated diagnosis.
Contexte : Plusieurs terminologies sont utilisées en routine pour coder les diagnostics de cancer. Pour pouvoir utiliser conjointement des informations issues de différentes sources, il faut être en mesure de mettre en correspondance les diagnostics semblables entre eux, codées à l’aide de ces différentes terminologies, c’est à dire de rattacher sous un même concept des codes différents, et ce sans modification ou perte d’information. Le NCI thesaurus (NCIt) a semblé être une terminologie de choix pour l’élaboration d’une terminologie pivot afin de représenter de manière consensuelle et centralisée les concepts des différentes terminologies diagnostiques en cancérologie. La CIM-O3 a été choisie pour débuter le travail de mapping vers cette terminologie cible. Objectif : L’objectif était d’évaluer la possibilité de représenter les données diagnostiques d’un registre général des cancers de l’adulte grâce à des concepts du NCIt, par l’intermédiaire d’un mapping validé établi préalablement entre la CIM-O3 et le NCIt et des relations existant entre les concepts du NCIt. Méthode : Une première phase a consisté en l’élaboration d’un mapping de la CIM-O3 vers le NCIt. La seconde phase s’est attachée à évaluer la possibilité de représenter les diagnostics réels du Registre Général des Cancers de la Gironde (RGCG), codés en CIM-O3, avec des concepts du NCIt. Pour chaque phase, une validation manuelle par une équipe de médecins a été réalisée. Résultats : Au 31 janvier 2015, la validation par l’équipe de médecins avait permis d’obtenir 605 mappings valides d’un code CIM-O3 vers un code NCIt (40,3% des 1500 codes CIM-O3). Il existait 21 694 tumeurs (52,20% des 41 553 tumeurs enregistrées par le RGCG durant la période d’inclusion) ayant un mapping complet de leur diagnostic. Au total, 7822 tumeurs (18,8% des 41 553 tumeurs du RGCG) avaient un diagnostic qui pointait vers un diagnostic NCIt pré-coordonné valide.
Fichier principal
Vignette du fichier
Med_spe_2015_Brechat-Huet.pdf (9.68 Mo) Télécharger le fichier
Loading...

Dates et versions

dumas-01206467 , version 1 (29-09-2015)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01206467 , version 1

Citer

Bérénice Bréchat-Huet. Représentation des diagnostics de tumeurs utilisés par les registres des cancers par l’intermédiaire du NCI thesaurus : évaluation de cette terminologie comme outil pour l’utilisation conjointe de données en cancérologie. Médecine humaine et pathologie. 2015. ⟨dumas-01206467⟩
159 Consultations
200 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More