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Master Thesis

Évaluation de la spectrométrie de masse Maldi-ToF et du séquençage multi-génique pour l'identification des Raoultella en bactériologie médicale

Résumé : Introduction : La taxonomie du genre Klebsiella est en perpétuel renouvèlement. Sur la base du séquençage des gènes de l’ARN 16S et rpoB, il a été proposé une modification de combinaison avec un reclassement en deux genres disctincts du genre Klebsiella avec la description du nouveau genre Raoultella. Raoultella ornithinolytica est positive pour l’ODC. Cependant les espèces du genre Raoultella restent difficiles à identifier tant par des systèmes d’identification phénotypiques que plus récemment par la spectrométrie de masse MALDI-ToF. Matériels et méthodes : trente isolats cliniques initialement identifiés comme R. ornithinolytica par MALDI-Biotyper ont été soumis à une identification par galerie API 20E et par séquençage des gènes rpoB, gyrB, speF. Résultats : Seuls deux isolats étaient ODC positifs. Aucun isolat clinique de R. planticola n’est d’identification certaine par MALDI-Biotyper. R. ornithinolytica et K. oxytoca sont difficilement discriminées. Le séquençage bigénique rpoB et gyrB permet une identification robuste de ces deux espèces et la sudivision de Klebsiella oxytoca en plusieurs phylo-groupes. L’analyse du gène speF confirme l’hétérogénicité des isolats de R. ornithinolytica constaté sur l’ODC variable. Discussion : L’ODC n’est pas un caractère fiable pour la confirmation de l’identification de R. ornithinolytica en routine. Le gène rpoB seul n’est pas suffisamment discriminant pour identifier le genre Raoultella. Il doit être complété par le gène gyrB. La construction d’une base utilisateur à partir des souches correctement caractérisées devrait permettre une identification fiable en routine.
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01235814
Contributor : Bu Santé Upjv <>
Submitted on : Friday, December 4, 2015 - 11:19:25 AM
Last modification on : Monday, April 19, 2021 - 8:52:11 AM
Long-term archiving on: : Friday, April 28, 2017 - 10:50:58 PM

Identifiers

  • HAL Id : dumas-01235814, version 1

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Citation

Jordan Leroy. Évaluation de la spectrométrie de masse Maldi-ToF et du séquençage multi-génique pour l'identification des Raoultella en bactériologie médicale. Bactériologie. 2015. ⟨dumas-01235814⟩

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