Validation de l’identification des Pseudomonas sp. par spectrométrie de masse type MALDI-TOF via la caractérisation d’une collection de souches environnementales et cliniques

Résumé : Les bactéries appartenant au genre Pseudomonas sont décrites selon les espèces comme des dépolluants, pathogènes des végétaux, poissons, insectes, et humains potentiellement, mais aussi des contaminants des denrées alimentaires et des eaux hospitalières, voire comme des réservoirs de gènes de résistance aux antibiotiques. L’identification au rang d’espèce des Pseudomonas sp. constitue donc un défi pour le laboratoire d’hygiène hospitalière. Nous avons procédé à la validation de méthode en portée B flexible de l’identification bactérienne des Pseudomonas sp. par spectrométrie de masse (SM) MALDI-TOF (Bruker®) en utilisant comme méthode de référence l’identification moléculaire par séquençage des fragments de l’ADNr16S et rpoD à partir d’une collection de souches environnementales et cliniques. Le séquençage de l’ADNr 16S et de rpo a permis dans 65% des cas l’identification des souches au rang de l’espèce. Les essais de robustesse de la SM n’ont pas montré d’influence du type de milieu de culture (géloses au sang, gélose cétrimide, CFC et TSA) ni de l’âge des cultures sur la qualité de l’identification. La comparaison de méthodes a permis de mettre en évidence une bonne corrélation de l’identification au rang du genre (100%), du groupe d’espèces (100%) mais des résultats non satisfaisants de corrélation au rang de l’espèce (27,3%) pour les groupes putida, aeruginosa et fluorescens. Les souches cliniques étaient plus fréquemment résistantes aux antibiotiques que les souches environnementales, et des différences entre les groupes d’espèces ont été observées. Les souches environnementales appartenaient principalement au groupe oleovorans (espèces oleovorans et indoloxydans) tandis que les groupes putida et fluorescens étaient les plus représentés parmi les souches cliniques. L’identification des Pseudomonas sp. au rang de l’espèce reste difficile du fait de leur évolution taxonomique, la proximité phylogénétique entre les espèces et la faiblesse des bases de données existantes mais la spectrométrie de masse permet de les identifier en routine au rang de groupe d’espèces.
Type de document :
Mémoires
Sciences pharmaceutiques. 2016
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Soumis le : vendredi 24 mars 2017 - 16:15:55
Dernière modification le : vendredi 13 avril 2018 - 16:44:03
Document(s) archivé(s) le : dimanche 25 juin 2017 - 13:51:57

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Céline Tournus. Validation de l’identification des Pseudomonas sp. par spectrométrie de masse type MALDI-TOF via la caractérisation d’une collection de souches environnementales et cliniques. Sciences pharmaceutiques. 2016. 〈dumas-01495190〉

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