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Master Thesis

Pneumonie et colonisation par Pneumocystis jirovecii‎ : comparaison de la charge fongique dans différents types d'échantillons respiratoires et détermination de seuils de quantification par PCR

Résumé : Introduction : depuis quelques années, la quantification de Pneumocystis jirovecii‎ (P.jirovecii) par qPCR dans des échantillons de lavage broncho-alvéolaire (LBA) et l’application de seuils d’interprétation à cette quantification ont aidé à différencier les diagnostics de pneumonie à Pneumocystis (PPC) et de colonisation pulmonaire. Le LBA, considéré comme prélèvement de référence pour détecter P.jirovecii, présente pourtant des contre-indications à sa réalisation. Notre objectif a été de définir et d’évaluer des seuils d’interprétation pour des échantillons recueillis de manière moins invasive. Matériels et méthodes : nous avons déterminé par qPCR la charge fongique dans 27 couples d’échantillons de LBA/non-LBA, dont 9, 8 et 10 couples avaient été prélevés respectivement chez 8 patients avec une PPC, 8 patients colonisés et 7 patients de diagnostic indéterminé. Résultats : une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été mise en évidence (R2=0,6; p=2,4x10-5, test de Spearman). L’équation de corrélation a pu être appliquée aux seuils validés par le laboratoire pour les LBA (1,6x103 et 2x104 copies/µL) afin d’obtenir des seuils pour les autres types d’échantillons. En appliquant les seuils ainsi obtenus (4,4x102 et 3,5x103 copies/µL) aux résultats de la quantification, nous avons pu confirmer une sensibilité et une spécificité de 100% pour le diagnostic de PPC. Conclusion : ces données permettent d’envisager la possibilité de poser le diagnostic de PPC pour un patient chez qui la réalisation d’un LBA serait contre-indiquée. Ces seuils d’interprétation ne sont toutefois qu’une aide pour le biologiste et le dialogue clinico-biologique reste indispensable.
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01496429
Contributor : Philippe Barbey <>
Submitted on : Monday, March 27, 2017 - 3:06:47 PM
Last modification on : Wednesday, August 23, 2017 - 4:41:41 PM
Long-term archiving on: : Wednesday, June 28, 2017 - 2:59:10 PM

Identifiers

  • HAL Id : dumas-01496429, version 1

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Citation

Esther Gyde. Pneumonie et colonisation par Pneumocystis jirovecii‎ : comparaison de la charge fongique dans différents types d'échantillons respiratoires et détermination de seuils de quantification par PCR. Pneumologie et système respiratoire. 2016. ⟨dumas-01496429⟩

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