Anasarque foetale et maladies héréditaires du métabolisme‎ : proposition d’une nouvelle prise en charge diagnostique - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2017

Anasarque foetale et maladies héréditaires du métabolisme‎ : proposition d’une nouvelle prise en charge diagnostique

Résumé

Hydrops fetalis is a life-threatening fetal state and a subset of this condition is classified as nonimmune hydrops fetalis (NIH) and comprises 87% of all cases. Up to 15% of NIH may be due to inherited metabolic disorders. But a large part of NIH linked to metabolic disorders remains undiagnosed due to the limited conventional biological procedures which are mainly based on sequential investigations and require multiple samples and steps. Besides, in most cases these investigations are incomplete. This approach is time consuming and the success in identifying a cause is limited. Therefore, we have developed a Next Generation Sequencing (NGS) panel to investigate metabolic causes of NIH. Among the inherited metabolic diseases underling NIH, the most severe forms of lysosomal storage diseases (LSD) represent a large part. At least 16 LSD are linked to NIH. Besides, 26 other inherited metabolic diseases have been described in this condition (Glycogenosis, Peroxisomal disorder, Citric-acid cycle defect, Transaldolase deficiency). HNF1B gene has been added since it has been described in polyhydramnios condition.
The design of the hydrops fetalis (HYDFET) panel covered the coding regions, promoter regions and the flanking intronic sequences of 42 genes. Library construction was done using SureSelectQXT (Agilent) and sequencing was performed on MiSeq instrument (Illumina®). Thirty-seven amniotic fluids have been analysis.
L’anasarque est un état foetal mettant en jeu le pronostic vital du foetus, et peut être classée comme anasarque foetale non immun (AFNI) dans 87% des cas. Jusqu’à 15% des AFNI peuvent être attribués aux maladies héréditaires du métabolisme (MHM), néanmoins une grande partie de ces causes restent sous diagnostiquées. En effet, les procédures biologiques conventionnelles sont basées sur une série d’analyses séquentielles, nécessitant habituellement des volumes importants d’échantillons et sont dans la plupart du temps incomplètes. L’identification de l’étiologie de l’anasarque reste limitée. Par conséquent, nous avons développé un panel de séquençage haut débit (NGS) pour étudier les causes métaboliques des AFNI. Parmi elles, les maladies de surcharge lysosomales (MLS) sont les plus sévères et les plus fréquentes. Seize maladies lysosomales ont été incluses ainsi que 26 autres MHM associées à une AFNI (glycogénose, maladie peroxysomale, anomalie du cycle de Krebs, déficit en transaldolase…), le gène HNF1B associé à des polyhydramnios a été ajouté.
Le panel anasarque foetale (AnaFoe) couvre les régions codantes, le promoteur, et les jonctions exons/introns pour les 42 gènes. La conception de la librairie a été effectuée en utilisant SureSelectQXT (Agilent) et le séquençage a été effectué sur NextSeq (Illumina®). Trente-sept liquides amniotiques de patientes ayant eu une anasarque sans étiologie ont été analysés.
Cette approche nous a permis le diagnostic de trois nouveaux cas (Niemann-Pick C, déficit en HNF1B et Morquio A).
Le NGS combiné à des analyses bioinformatiques robustes est un outil très utile pour identifier les variants délétères des gènes associés à des AFNI. L’étude biochimique de la protéine codée par le gène altéré permet de confirmer le diagnostic. Ce changement de paradigme peut permettre d’améliorer le rendement diagnostique d’AFNI.
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  • HAL Id : dumas-01699492 , version 1

Citer

Bénédicte Arnaud. Anasarque foetale et maladies héréditaires du métabolisme‎ : proposition d’une nouvelle prise en charge diagnostique. Médecine humaine et pathologie. 2017. ⟨dumas-01699492⟩
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