Analyse des bases génétiques de la tolérance à la pourriture basale du stipe chez le palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.) - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2018

Genetic analyses of basal stem rot tolerance in oil palm (Elaeis guineensis Jacq.)

Analyse des bases génétiques de la tolérance à la pourriture basale du stipe chez le palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.)

Aurélie Daval
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Résumé

The basidiomycete Ganoderma boninense causes basal stem rot disease on oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) plantings. An average of 50 percent yield losses from basal stem rot occurs in mature stands. Oil palm genetic improvement is involved in durability and sustainability of the oil palm production, which is the first source of vegetal oil. 335 oil palms coming from the same heterotic group was genotyped with 199 SSR markers. These palms are organized in 48 interconnected families coming from 7 founders from 2 distinct genetic origins. This study analyzed 10 years of phenotyping data of nursery stage plants, concerning artificial and standardized inoculation of seedling with Ganoderma. This data counts the number of young oil palms infected by the Ganoderma during the disease kinetics. A generalized linear mixed model and the area under the disease progress curve were used to predict the breeding values of the oil palms of interest coming from the nursery data. Ganoderma resistance QTL in this pedigree population were mapped with a multi-QTL Bayesian approach. The analysis showed 3 Ganoderma resistance QTL. The QTL allele’s prediction identified 3 founders of the 2 genetic origins with at least one favorable allele. The study of a breeding population for the determinism of Ganoderma genetic resistance, showed alleles segregations in a pedigreed population with founders bearing favorable alleles and paves the way to a marker assisted selection.
Le basidiomycète Ganoderma boninense est responsable de la pourriture basale du stipe, maladie majeure du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.) pouvant causer jusqu’à 50 % de perte au champ. L’amélioration génétique du palmier à huile joue un rôle majeur dans la durabilité de la production d’huile de palme, premier apport mondial d’oléagineux. 335 palmiers d’un même groupe hétérotique ont été génotypés avec 199 marqueurs SSR. Ces palmiers font partie de 48 familles interconnectées issues de 7 fondateurs de deux origines génétiques distinctes. Cette étude exploite 10 ans de données de phénotypage issues de tests précoces standardisés d’inoculation de la maladie en pépinière. Ces données comptent le nombre de jeunes palmiers atteints par le Ganoderma durant la cinétique de la maladie. Un modèle linéaire mixte généralisé et l’aire sous la courbe de progression de la maladie ont permis de prédire les valeurs génétiques des palmiers d’intérêt à partir des données de pépinières. La mise en évidence de QTL de résistance aux Ganoderma dans cette population en pedigree a été faite selon une méthode Bayésienne multi-QTL. L’analyse a montré trois QTL de résistance au Ganoderma. La prédiction des allèles au QTL a permis d’identifier 3 fondateurs des 2 origines génétiques possédant au moins un allèle favorable. L’étude d’une population de sélection pour l’analyse des bases génétiques de la résistance au Ganoderma a permis d’identifier les allèles en ségrégations dans la population et les géniteurs porteurs des allèles favorables, et d’avancer vers une sélection assistée par marqueurs.
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  • HAL Id : dumas-01958430 , version 1

Citer

Aurélie Daval. Analyse des bases génétiques de la tolérance à la pourriture basale du stipe chez le palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.). Sciences du Vivant [q-bio]. 2018. ⟨dumas-01958430⟩
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