A. Materiel and . .. Methodes, 63 b) Données récupérées pour l'analyse des antécédents familiaux dans les dossiers cliniques des patientes incluses, 62 7. Données complémentaires utilisées pour l'analyse

I. V. Synthese and . .. Discussion,

A. .. Synthèse,

V. C. ,

V. .. Bibliographiques,

. , 101 c) Phase 3 : séquençage sur le MISEQ (Illumina)

. , Analyse

L. Nucléique,

, Thésaurus-Femmes porteuses d'une mutation de BRCA1 ou BRCA2 / Détection précoce du cancer du sein et des annexes et stratégies de réduction du risque-Ref : RECOBRCATHES17 | Institut National Du Cancer

K. B. Kuchenbaecker, J. L. Hopper, D. R. Barnes, K. Phillips, T. M. Mooij et al., Risks of Breast, Ovarian, and Contralateral Breast Cancer for BRCA1 and BRCA2 Mutation Carriers, JAMA, vol.20, issue.23, pp.2402-2418, 2017.

P. La and . Qu'est-ce-que-c'est-?-openlab,

N. T. , Diaporama présentation NGS (Institut Paoli-Calmettes)

, Tissue Microarrays at Johns Hopkins | The Pathology Blog

, Le cancer du sein-Les cancers les plus fréquents | Institut National Du Cancer

, Anatomie du sein-Cancer du sein | Institut National Du Cancer

M. Stacoffe, F. Arbion, H. Végas, L. Ouldamer, M. Cancel et al., Les cancers du sein « triple-négatifs » : une pseudo-entité en cours de démembrement, Innov Thérapeutiques En Oncol. 1 sept, vol.3, issue.5, pp.243-56, 2017.

P. Kumar and R. Aggarwal, An overview of triple-negative breast cancer, Arch Gynecol Obstet. févr, vol.293, issue.2, pp.247-69, 2016.

A. Gonçalves, Cancer du sein triple-négatif : caractéristiques histocliniques et moléculaires, prise en charge et perspectives thérapeutiques-EM|consulte, Bull Cancer (Paris). mai, vol.100, issue.5, pp.453-64, 2013.

F. J. Couch, S. N. Hart, P. Sharma, A. E. Toland, X. Wang et al., Inherited mutations in 17 breast cancer susceptibility genes among a large triple-negative breast cancer cohort unselected for family history of breast cancer, J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 1 févr, vol.33, issue.4, pp.304-315, 2015.

R. Dent, M. Trudeau, K. I. Pritchard, W. M. Hanna, H. K. Kahn et al., Triple-negative breast cancer: clinical features and patterns of recurrence, Clin Cancer Res Off J Am Assoc Cancer Res. 1 août, vol.13, issue.15, pp.4429-4463, 2007.

M. W. Wong-brown, C. J. Meldrum, J. E. Carpenter, C. L. Clarke, S. A. Narod et al., Prevalence of BRCA1 and BRCA2 germline mutations in patients with triple-negative breast cancer, Breast Cancer Res Treat. févr, vol.150, issue.1, pp.71-80, 2015.

F. M. Blows, K. E. Driver, M. K. Schmidt, A. Broeks, F. E. Van-leeuwen et al., Subtyping of breast cancer by immunohistochemistry to investigate a relationship between subtype and short and long term survival: a collaborative analysis of data for 10,159 cases from 12 studies, PLoS Med. 25 mai, vol.7, issue.5, p.1000279, 2010.

C. Liedtke, C. Mazouni, K. R. Hess, F. André, A. Tordai et al., Response to neoadjuvant therapy and long-term survival in patients with triple-negative breast cancer, J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 10 mars, vol.26, issue.8, pp.1275-81, 2008.

F. Pareja and J. S. Reis-filho, Triple-negative breast cancers-a panoply of cancer types, Nat Rev Clin Oncol. juin, vol.15, issue.6, pp.347-355, 2018.

A. Prat, E. Pineda, B. Adamo, P. Galván, A. Fernández et al., Clinical implications of the intrinsic molecular subtypes of breast cancer, Breast Edinb Scotl. nov, vol.24, issue.2, pp.26-35, 2015.

B. D. Lehmann, J. A. Bauer, X. Chen, M. E. Sanders, A. B. Chakravarthy et al., Identification of human triple-negative breast cancer subtypes and preclinical models for selection of targeted therapies, J Clin Invest. juill, vol.121, issue.7, pp.2750-67, 2011.

L. Gerratana, D. Basile, G. Buono, D. Placido, S. Giuliano et al., Androgen receptor in triple negative breast cancer: A potential target for the targetless subtype, Cancer Treat Rev. 11 juin, vol.68, pp.102-112, 2018.

M. D. Burstein, A. Tsimelzon, G. M. Poage, K. R. Covington, A. Contreras et al., Comprehensive genomic analysis identifies novel subtypes and targets of triplenegative breast cancer, Clin Cancer Res Off J Am Assoc Cancer Res. 1 avr, vol.21, issue.7, pp.1688-98, 2015.

Y. Bareche, D. Venet, M. Ignatiadis, P. Aftimos, M. Piccart et al., Unravelling triplenegative breast cancer molecular heterogeneity using an integrative multiomic analysis

, Ann Oncol Off J Eur Soc Med Oncol. 1 avr, vol.29, issue.4, pp.895-902, 2018.

F. Pareja, F. C. Geyer, C. Marchiò, K. A. Burke, B. Weigelt et al., Triple-negative breast cancer: the importance of molecular and histologic subtyping, and recognition of lowgrade variants, NPJ Breast Cancer, vol.2, p.16036, 2016.

D. P. Atchley, C. T. Albarracin, A. Lopez, V. Valero, C. I. Amos et al., Clinical and pathologic characteristics of patients with BRCA-positive and BRCAnegative breast cancer, J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 10 sept, vol.26, issue.26, pp.4282-4290, 2008.

M. N. Mills, G. Q. Yang, D. E. Oliver, C. L. Liveringhouse, K. A. Ahmed et al., Histologic heterogeneity of triple negative breast cancer: A National Cancer Centre Database analysis, Eur J Cancer Oxf Engl, vol.98, pp.48-58, 1990.

J. J. Chan, T. Tan, and R. A. Dent, Are There Any Clinically Relevant Subgroups of TripleNegative Breast Cancer in 2018?, J Oncol Pract. mai, vol.14, issue.5, pp.281-290, 2018.

H. Shimelis, H. Laduca, C. Hu, S. N. Hart, J. Na et al., Triple-Negative Breast Cancer Risk Genes Identified by Multigene Hereditary Cancer Panel Testing, JNCI J Natl Cancer Inst

. Disponible,

E. Hahnen, J. Hauke, C. Engel, G. Neidhardt, K. Rhiem et al., Germline Mutations in Triple-Negative Breast Cancer, Breast Care Basel Switz. mars, vol.12, issue.1, pp.15-24, 2017.

N. Tung, E. Gaughan, M. R. Hacker, L. J. Lee, A. B. Poles et al., Outcome of triple negative breast cancer: comparison of sporadic and BRCA1-associated cancers, Breast Cancer Res Treat. 1 juill, vol.146, issue.1, pp.175-82, 2014.

C. Engel, K. Rhiem, E. Hahnen, S. Loibl, K. E. Weber et al., Prevalence of pathogenic BRCA1/2 germline mutations among 802 women with unilateral triple-negative breast cancer without family cancer history, BMC Cancer, vol.07, issue.1, p.265, 2018.

S. S. Buys, J. F. Sandbach, A. Gammon, G. Patel, J. Kidd et al., A study of over 35,000 women with breast cancer tested with a 25-gene panel of hereditary cancer genes, Cancer, vol.15, issue.10, pp.1721-1751, 2017.

E. Hahnen, B. Lederer, J. Hauke, S. Loibl, S. Kröber et al., Germline Mutation Status, Pathological Complete Response, and Disease-Free Survival in TripleNegative Breast Cancer: Secondary Analysis of the GeparSixto Randomized Clinical Trial, JAMA Oncol, vol.3, issue.10, pp.1378-85, 2017.

, OlympiAD Trial: Olaparib Slows Growth of <em>BRCA</em>-Related Metastatic Breast Cancer-The ASCO Post, ASCO, vol.2017

S. Richards, N. Aziz, S. Bale, D. Bick, S. Das et al., Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology, Genet Med Off J Am Coll Med Genet. mai, vol.17, issue.5, pp.405-429, 2015.

L. M. Amendola, G. P. Jarvik, M. C. Leo, H. M. Mclaughlin, Y. Akkari et al., Performance of ACMG-AMP Variant-Interpretation Guidelines among Nine Laboratories in the Clinical Sequencing Exploratory Research Consortium, Am J Hum Genet, vol.02, issue.6, pp.1067-76, 2016.

S. Ellard, ACGS Best Practice Guidelines for Variant Classification, 2017.

P. Ngs,

, ADN des patientes a été extrait à partir d'un prélèvement sanguin. La quantification de l'ADN double-brin a été faite par Nanodrop?One

, La double purification de l'ADN a été faite sur l'automate Biorobot (Hamilton) en utilisant des billes AMPure XP Reagent, La quantification de l'ADN double-brin après purifcation a été faite sur le Qubit

. Séquençage-massif-en-parallèle-de-l&apos;adn-génomique, Illumina MiSeq) après enrichissement par capture (HCS,Sophia Genetics; régions codantes, jonctions introns-exons et 25 paires de bases introniques) sur 27 gènes d'intérêt clinique et recherche. Pour constituer la librairie d'amplicons nous avons utilisé le kit QIAGEN Qiaseq FX DNA Library, le kit KAPA Library Amplification (KAPA BIOSYSTEMS), le kit HCS de SOPHIA GENETICS, le kit Tapestation Agilent High Sensitivity. Identification des variations ponctuelles (excepté le gène EPCAM) et des remaniements de grande taille par analyse bioinformatique avec les logiciels Sophia DDM (Sophia Genetics) et SeqNext (JSI) et/ou, Biomedical Genomics Workbench(QIAGEN). a) Phase, vol.1

, Etape de fragmentation de l'ADN génomique avec le kit QIAGEN Qiaseq FX DNA Library nécessaire pour le séquençage d'amplicon entre 300 et 700paires de bases

, Etape de ligation des adapteurs fournis par SOPHIA GENETICS afin de marquer chaque amplicon avec un « barcode » permettant d'identifier chaque patient lors du regroupement par pool

, Lavage post-ligation avec les billes AMPure XP Reagent

, Sélection des fragments par la taille entre 300 et 500pb afin de garder seulement les fragments qui nous intéressent (région à séquencer avec adaptateurs)

, Amplification de la librairie

, Lavage post-amplification avec les billes AMPure XP Reagent

, Thermo-Fisher) avec le kit ds-DNA High Sensitivity (objectif 6 à 15ng/µL) et à la Tape Station 4200 (Agilent) avec le kit Agilent High Sensitivity D100 DNA Screen Tape, Qualification et quantifications au Qubit

, Pool des librairies par groupe de 12 échantillons, constitution de 4 pools pour 48 échantillons b) Phase 2 : capture des régions d

, Etape d'hybridation afin de sélectionner les amplicons qui se trouvent dans la zone

, Capture de ces régions d'intérêt grâce à des billes de streptavidine puis étape de lavage 3. Amplification post-capture des amplicons sélectionnés avec le kit KAPA Library Amplification, 4. Lavage post-capture les billes AMPure XP Reagent

, ThermoFisher) avec le kit ds-DNA High Sensitivity (objectif 5 à 15ng/µL) et à la Tape Station 4200 (Agilent) avec le kit Agilent High Sensitivity D100 DNA Screen Tape (objectif 300 à 700pb) c) Phase, Vérification de la conformité des librairies : qualification et quantifications au Qubit

, Enrichissement de la librairie avec du PhiX1%

, Chargement dans la cartouche du MISEQ de 10pM de librairie poolée

. Chargement,

. Lancement-du-séquençage,