Identification de marqueurs associés à une résistance stable au mildiou de la pomme de terre par génétique d'association - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2019

Genome wide association study to identify markers linked to a stable resistance of the potato to late blight

Identification de marqueurs associés à une résistance stable au mildiou de la pomme de terre par génétique d'association

Résumé

One of the most destructive disease for potato crop is late blight caused by an oomycete : Phytophthora infestans. Fungicides are massively used to fight against this pathogen, which contributes to the high treatment frequency index of this crop. The Ecophyto II plan aims at reducing the use of pesticides. The identification of quantitative genetic resistance, which is more stable, represents therefore a major issue. My internship subject is part of the PotStaR project whose purpose is to identify stable sources of resistance to the late blight and molecular markers linked to these stable resistance. My internship was about the development of a strategy of association mapping on a collection of improved breeding lines originating from research programs from INRA of Ploudaniel. The phenotypic data come from five trials and the genotypic data from the use of the 8303 SNP SolCAP array. First, a study of the population structure was performed. Then markers linked to late blight resistance have been identified. An analysis of linkage disequilibrium was carried out for the markers that are located in the same genomic region. The most stable QTL identifed in this sudy is located on chromosome 9.
Une des maladies qui causent le plus de dégâts sur la culture de pomme de terre est le mildiou, causée par l’oomycète : Phytophthora infestans. La lutte chimique utilisée pour faire face à cet agent pathogène contribue au fort Indice de Fréquence de Traitement (IFT) de cette culture. Le plan Ecophyto II a pour objectif de diminuer l’utilisation de produits phytosanitaires. L’identification de résistances génétiques quantitatives, qui sont plus stables, constitue donc un enjeu majeur. Mon sujet de stage s’insère dans le projet PotStaR qui vise à identifier des sources de résistance stable au mildiou et des marqueurs moléculaires associés à ces résistances stables. Mon stage a porté sur la mise en œuvre d’une stratégie de génétique d’association sur une collection de géniteurs améliorés issus de différents programmes de recherche de l’INRA de Ploudaniel. Les données de phénotypage proviennent de cinq sites d’expérimentation et les données de génotypage d’un génotypage avec la puce SolCAP 8303 SNP. Pour commencer une étude de structuration génétique de la population a été faite. Ensuite différentes analyses d’association ont permis d’identifier des marqueurs associés à la résistance. Une analyse du déséquilibre de liaison a été faite pour les marqueurs qui se situent dans les mêmes régions génomiques. Le QTL le plus stable identifié par cette étude se situe sur le chromosome 9.
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dumas-02369540 , version 1 (19-11-2019)

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  • HAL Id : dumas-02369540 , version 1

Citer

Nadège Le Garrec. Identification de marqueurs associés à une résistance stable au mildiou de la pomme de terre par génétique d'association. Sciences du Vivant [q-bio]. 2019. ⟨dumas-02369540⟩
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