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Master Thesis

Caractéristiques épidémiologiques et diagnostic des affections respiratoires aiguës d'origines virale dans un service d'urgences au cours de l'hiver 2018/2019

Résumé : Introduction : L’objectif principal de cette étude est d’évaluer la performance diagnostique du TDRG GeneXpert® dans l’identification virologique des infections respiratoires aigües (virus grippaux et VRS), en le comparant au Gold Standard qu’est la RT-PCR. Les objectifs secondaires sont d’analyser les caractéristiques épidémiologiques de la population atteinte d’infection respiratoire virale et de définir d’éventuels facteurs clinico-biologiques associés à ces infections afin de cibler les indications de réalisation de TDR. Matériel et méthodes : Une étude épidémiologique observationnelle descriptive monocentrique prospective a été réalisée au sein du SAU de l’Hôpital Nord de Marseille entre le 15 décembre 2018 et le 15 mars 2019. La population étudiée incluait tous les patients de plus de 16 ans admis aux urgences et ayant bénéficié d’une recherche microbiologique par le TDR GeneXpert® avec confirmation par RT-PCR. Le recueil des données s’est fait via un questionnaire standardisé complété par la consultation des dossiers médicaux informatiques, et concernait les données épidémiologiques, cliniques, paracliniques, virologiques (résultats TDR et RT-PCR), ainsi que la prise en charge thérapeutique et le devenir des patients. Résultats : Concernant les données de validité intrinsèque et extrinsèque du TDR GeneXpert®, les sensibilité, spécificité, VPP et VPN étaient respectivement de 99.1%, 99.7%, 99.1% et 99.7% pour l’identification des virus grippaux et de 93.5%, 99.5%, 91.5% et 99.6% pour l’identification du VRS. D’un point de vue épidémiologique, sur les 823 patients inclus, l’âge moyen était de 67 ans et le sex ratio de 1.06. 28.9% des patients étaient asthmatique ou BPCO, 12.8% avaient une vaccination à jour. Concernant les résultats virologiques, 319 étaient porteurs d’infection respiratoire virale, dont 66% étaient liées à la grippe A et 36% à un autre virus respiratoire. Sur le plan clinique, la toux et la fièvre étaient significativement associées à une infection virale. Sur le plan biologique, on mettait en évidence un taux de GB, de PNN, de lymphocytes, de CRP et de lactates significativement moins élevés chez les patients atteints d’infection virale. 54% ont reçu une antibiothérapie; parmi eux, 45% présentaient des signes de surinfection bactérienne. Des analyses multivariées ont montré que l’absence de signe respiratoire fonctionnel, de fièvre et de lymphopénie étaient des facteurs indépendants protecteurs d’infection virale. Conclusion : Le TDR GeneXpert® s’avère être très performant dans le diagnostic des infections respiratoires par la grippe et le VRS, tout en permettant d’obtenir des résultats rapides, faisant de lui un outil particulièrement séduisant au sein des SAU durant les épidémies grippales. Un nouveau TDR « GeneXpert® multiplex » capable d’identifier l’ensemble des virus respiratoires permettrait une prise en charge diagnostique et thérapeutique optimale aux urgences.
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-02383935
Contributor : Faculté de Médecine Amu <>
Submitted on : Thursday, November 28, 2019 - 10:06:00 AM
Last modification on : Friday, October 23, 2020 - 4:58:56 PM
Long-term archiving on: : Saturday, February 29, 2020 - 1:33:33 PM

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  • HAL Id : dumas-02383935, version 1

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Romain Bull. Caractéristiques épidémiologiques et diagnostic des affections respiratoires aiguës d'origines virale dans un service d'urgences au cours de l'hiver 2018/2019. Sciences du Vivant [q-bio]. 2019. ⟨dumas-02383935⟩

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