, ADNcf, notamment avec l'extracteur MagNA Pure 24 (Roche®) qui fournit un profil de taille sensiblement différent des autres extracteurs avec une forte proportion de petites tailles (fraction 75 à 239 pb : 90 ± 9 % (CV= 10%) vs 74 ± 8 % (CV=11%) pour les autres extracteurs (p-value = 0,008)). La fraction d'ADNcf de tailles 75 à 239 pb varie de 71 à 79 % selon l'extracteur utilisé, la fraction 240 à 369 pb varie de 3 à 7 % selon l'extracteur utilisé et la fraction de 370 à 1649 pb, En terme de qualification de l'ADNcf, nous avons aussi montré que les extracteurs impactent l'intégrité de l

, Une autre étude a montré que le MagNa Pure® fournit une plus petite quantité d'ADNcf avec une plus grande quantité d'ADNcf de petites tailles (150 à 200 pb) mesurée par Agilent 2100

V. Bioanalyzer-;-kloten, ont également observé des différences obtenues lors d'une extraction sur membrane de silice ou sur billes magnétiques. Alors que les quantités d'ADNcf étaient similaires, le profil de taille était différent fonction de la technique d'extraction utilisé

, En effet, l'extraction sur billes magnétiques fournit un profil de taille avec une plus grande quantité de fragments d'ADNcf de petites taille (< 600 pb) alors que l'extraction sur membrane de silice fournit un profil de tailles avec une plus grande quantité de fragments de grandes tailles (> 600 pb) caractéristiques d

, Notre étude ne l'a pas vérifié car l'automate LABTurbo utilise une technique d'extraction sur colonne et les trois autres sur billes magnétiques

, Au final, notre choix s'est porté sur l'extracteur semi-automatique (IDEAL, ID solution ®) qui utilise le kit d'extraction IDXTRACT-MAG car c'est une des méthodes qui permettait une extraction d'une plus grande quantité d'ADNcf avec un profil de taille conservant les petites tailles

, La seconde étape fut de déterminer des valeurs normales quantitatives et qualitatives pour cette méthode d'extraction. Elle a été réalisée à partir de 120 sujets sains

L. , ADNcf mesuré par ddPCR est 5,6 ± 3 U.A (CV = 53%), par BiaBooster 59.9±32.2 pg/µL (CV = 54%) et par Qubit 90,1±33.9 pg/µL (CV 38%). Ainsi, mesuré par BiaBooster

, Mesuré par Qubit, le taux est 3.9 fois plus élevé que lorsqu'il est mesuré par ddPCR. Le Qubit HS avait une variation de mesure moindre, Cependant, les deux techniques ont une variation de mesure similaire (CV = 53.4% pour ddPCR versus 53.8% pour Biabooster)

, Les concentrations mesurées par ddPCR étaient corrélées à celles mesurées par BiaBooster pour les tailles comprises entre 75 et 239 pb. Ces dernières correspondent à la taille d'amplification Références

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