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Master Thesis

Épidémiologie et optimisation du diagnostic microbiologique des abcès cérébraux

Résumé : Les abcès cérébraux sont des infections focales du parenchyme cérébral rares mais potentiellement mortelles. La culture et la biologie moléculaire ne permettent toujours d’obtenir un diagnostic étiologique complet, par conséquent la prise en charge médicale en reste souvent empirique. Dans ce travail, nous avons d’abord étudié 115 abcès cérébraux adressés de 2014 à 2020 à l’IHU Méditerranée Infection pour tenter d’identifier des associations entre agents pathogènes identifiés au laboratoire en routine et étiologies. Ensuite, pour les échantillons compatibles nous avons utilisé une combinaison de deux techniques innovantes, le séquençage à haut débit en temps réel (GridION, Oxford Nanopore) et la microscopie électronique en temps réel (TM 4000, Hitachi) pour l'exploration de ces infections. Parmi les 115 échantillons étudiés, un diagnostic microbiologique par culture usuelle et/ou PCR a été obtenu chez 86 patients. Aucun pathogène n’a été détecté chez 28 patients, soit 25% des patients dont l’abcés cérébral était supposé infectieux. Nous avons pu réaliser une analyse en microscopie électronique en temps réel pour 15 patients. Nous avons également analysé 38 échantillons avec la méthode de séquençage métagénomique à haut débit GridION (Oxford Nanopore). Elle a permis d’identifier 37 microorganismes, dont 38% n’avaient pas été détectés par culture et/ou PCR. De plus, ces techniques ont permis d’obtenir des résultats dans les 6 heures suivant le prélèvement. La combinaison de la microscopie électronique et du séquençage métagénomique à haut débit en temps réel est compatible avec le temps du soin et utile pour le diagnostic des abcès cérébraux.
Document type :
Master Thesis
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-03142426
Contributor : Pharmacie Amu Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Tuesday, February 16, 2021 - 8:47:19 AM
Last modification on : Thursday, February 18, 2021 - 3:20:46 AM
Long-term archiving on: : Monday, May 17, 2021 - 6:31:12 PM

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FUSTER Léa. Thèse d'exercice...
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  • HAL Id : dumas-03142426, version 1

Citation

Léa Fuster. Épidémiologie et optimisation du diagnostic microbiologique des abcès cérébraux. Sciences pharmaceutiques. 2020. ⟨dumas-03142426⟩

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