Écologie des pneumonies graves admises en réanimation : étude descriptive monocentrique - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2021

Écologie des pneumonies graves admises en réanimation : étude descriptive monocentrique

Résumé

Severe community-acquired pneumonia (CAP) is a common cause of hospitalization in ICU with a high mortality rate, and the incrimination of viruses is an ongoing topic. The aim of the study was to describe the ecology of severe CAP in our ICU, to assess the impact of molecular testing on aetiological diagnosis and to report the prevalence of coinfections. Methods: a single center retrospective study on adult patients admitted in ICU for severe CAP and matching the IDSA/ATS criteria. Available respiratory sample and Legionella urinary antigen test were compulsory. In addition to the laboratory results available, we performed a systematic respiratory panel PCR and legionella culture. The primary endpoint was the proportion of each pathogen identified in the respiratory samples. The secondary endpoints were the proportion of patients for whom respiratory panel molecular tests had an impact on diagnosis and indicated a theoretical modification of the antimicrobial therapy, the proportions of patients with coinfections and mortality. Results: a total of 104 patients were included with a median SAPS II score of 46.5 (IQR 24.5). Severe CAP were documented in 67% cases. The most frequent pathogens were influenza A/B, Streptococcus pneumoniae and rhinovirus. Systematic use of respiratory panel molecular testing benefited to the diagnosis of 28 patients (27%) with 20 cases of viral induced severe CAP and 8 cases of coinfections. It is worth noting that 2 of 6 Legionella severe CAP were only detected by the PCR, these were due to Legionella spp. Overall mortality reached 39% by the 3rd month. Conclusion: two third of the population had a positive aetiological diagnosis and the mortality was high. The three most frequent pathogens were influenza viruses, Streptococcus pneumoniae and rhinovirus.Using respiratory panel PCR tests on all samples helped to improve diagnosis and showed that viral aetiologies were frequent in this cohort of severe CAP.
Les pneumopathies aiguës communautaires (PAC) graves sont une cause fréquente d’hospitalisation en réanimation et grevées d’une importante mortalité. La responsabilité des virus dans cette pathologie est un sujet d’actualité. Les objectifs de cette étude sont de décrire l’écologie locale des PAC graves, d’identifier le rôle des virus et de discuter de l’intérêt de l’utilisation systématique de tests moléculaires à l’admission des patients. Méthode : étude descriptive rétrospective monocentrique incluant des adultes admis en réanimation pour PAC grave, répondant aux critères de l’IDSA/ATS, et ayant un prélèvement respiratoire disponible ainsi qu’un test urinaire antigénique de légionellose. En plus des résultats microbiologiques respiratoires disponibles, nous avons réalisé une analyse moléculaire à spectre respiratoire et une culture spécifique de la légionelle. Le critère d’évaluation principal était la proportion de chaque pathogène détecté sur les prélèvements respiratoires. Les critères d’évaluation secondaires étaient l’apport de l’utilisation systématique de tests moléculaires, la présence de co-infections virus-bactéries et la mortalité. Résultats : au total 104 patients ont été inclus, avec un score SAPS II médian de 46.5 (IQR 24.5). Le diagnostic étiologique a pu être défini dans 67% des cas. Les pathogènes les plus impliqués étaient le virus de la grippe (A/B), Streptococcus pneumoniae et rhinovirus. L’utilisation systématique de tests PCR couvrants les pathogènes respiratoires a bénéficié au diagnostic de 28 patients (27%) avec 20 cas d’infections virales et 8 cas de co-infections. A noter, 2 cas de légionellose grave sur 6 ont été uniquement détectés via la PCR. Celles-ci étaient dues à des Legionella spp. La mortalité a atteint 39% au 3ème mois. Conclusion : deux tiers des patients ont eu un diagnostic étiologique. La mortalité des PAC graves était élevée. Les 3 pathogènes les plus fréquents sont le virus de la grippe, Streptococcus pneumoniae et rhinovirus. Les tests moléculaires ont permis d’améliorer le rendement diagnostique et de mettre en évidence l’implication des virus dans ces PAC graves.
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Citer

Chirine Paris. Écologie des pneumonies graves admises en réanimation : étude descriptive monocentrique. Human health and pathology. 2021. ⟨dumas-03331866⟩
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