Évaluation médico-économique d’une PCR multiplexe pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2021

Medico-economic evaluation of a multiplex PCR for the rapid diagnosis of bacteraemia and fungemia

Évaluation médico-économique d’une PCR multiplexe pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies

Arthur Devès
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1115185

Résumé

Bacteraemia and fungemia remain diseases with a high mortality rate despite recent progress. Indeed, one of the areas for improvement is the reduction of the diagnostic delay, which is still often high, given the need to transfer positive blood culture bottles to agar medium. The HEMOFAST clinical study conducted at the CHUGA and presented here, aims to evaluate the medico-economic impact of a new generation of syndromic multiplex PCR, the ePlex® PCR developed by GenMark and usable directly on positive blood culture bottles, after a direct microscopic examination. This PCR comprises several panels, depending on the results of the direct examination, which make it possible to identify, in 1,5 hours, 56 species or genera of bacteria and micromycetes as well as 10 resistance genes. The primary endpoint of the study is the time to optimised treatment inferior or equal to twelve hours (T12h), compared between the two arms of the study: an arm receiving the "usual" treatment in force in our centre and an arm benefiting in addition from the ePlex rapid test. The results of the intermediate analysis presented in this thesis show a significant contribution of this rapid test, since an optimised antibiotic therapy was reached at T12h for 63.55% of the patients in the "usual" group compared to 86.67% in the group with PCR. This difference was statistically significant (p<0.001), which led to the early termination of the study. In addition, of the 106 episodes of bacteraemia or fungemia investigated during the course of the study, the ePlex multiplex PCR allowed identification of the species involved and reliable detection of resistance determinants for 92 of them, i.e. a proportion of 87%. As no false positive results were produced, the specificity for all targets included in these panels was 100%. These encouraging results will be complemented by the definitive results in the final data analysis of the study.
Les bactériémies et fongémies restent des pathologies à forte mortalité malgré des progrès récents. Un des axes d’amélioration est la réduction du délai diagnostique restant parfois élevé, compte-tenu des nécessités de repiquage sur milieu gélosé des flacons d’hémoculture positifs. L’étude clinique HEMOFAST réalisée au CHUGA et présentée ici, se propose d’évaluer l’impact médico-économique d’une nouvelle génération de PCR multiplexe syndromique, la PCR ePlex® développée par GenMark et utilisable directement sur flacon d’hémoculture positif, après réalisation d’un examen direct. Cette PCR comporte plusieurs panels, réalisés en fonction du résultat de l’examen direct, qui permettent d’identifier, en 1h30, 56 espèces ou genres de bactéries et micromycètes ainsi que 10 gènes de résistance. Le critère de jugement principal de l’étude est le délai de mise sous traitement optimisé inférieur ou égal à douze heures (T12h), comparé entre les 2 bras de l’étude : un bras recevant la prise en charge (PEC) « habituelle » en vigueur dans notre centre et un bras bénéficiant en sus du test rapide ePlex. Les résultats de l’analyse intermédiaire présentés dans cette thèse montrent un apport significatif de ce test rapide, puisqu’une antibiothérapie optimisée était atteinte à T12h pour 63,55% des patients du groupe PEC « habituelle », contre 86,67% pour le groupe avec réalisation de la PCR. Cette différence est statistiquement significative (p<0,001), ce qui a conduit à l’arrêt anticipé de l’étude. De surcroît, sur les 106 épisodes de bactériémies ou fongémies étudiés durant le déroulement de l’étude, la PCR multiplexe ePlex a permis une identification de l’espèce présente et une détection fiable des déterminants de résistance pour 92 d’entre eux, soit une proportion de 87%. Aucun résultat faux-positif n’ayant été produit, la spécificité pour toutes les cibles incluses dans ces panels est de 100%. Ces résultats encourageants seront complétés par les résultats définitifs lors de l’analyse finale de l’étude.
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Dates et versions

dumas-03407771 , version 1 (28-10-2021)

Identifiants

Citer

Arthur Devès. Évaluation médico-économique d’une PCR multiplexe pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies. Sciences pharmaceutiques. 2021. ⟨dumas-03407771⟩
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