Intérêt et apport du Whole Exome Sequencing (WES) et de la place du neurogénéticien dans le diagnostic et la prise en charge des maladies neurogénétiques de l’adulte - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2021

Interest and contribution of Whole Exome Sequencing (WES) and role of the neurogeneticist practitioner in the diagnosis and the attend of adult neurogenetics diseases

Intérêt et apport du Whole Exome Sequencing (WES) et de la place du neurogénéticien dans le diagnostic et la prise en charge des maladies neurogénétiques de l’adulte

Résumé

Since 2005, with these 3 rare diseases national strategies, France tends to build his rare diseases care politic. Their goal is to support the apparition of new technologies for the next generation sequencing, particularly in adult neurogenetics diseases. In this study, we analyzed a cohort of 73 WES realized between January 2016 and June 2021 in the national neurogenetics center of the university hospital of Angers. The general diagnostic yield is 42,47%. The yield for syndromic epilepsy is 40%, for peripherical neuropathy is 40%, for dystonia is 40%, for leukodystrophy is 16,67%, for neurodegenerative diseases before 55 yo is 50%, for hereditary ataxias is 41,38%, for spastic paraparesis is 75%, for neurosensorial diseases is 25% and for myopathy is 100% (1 only patient). The yield of trio WES (47,83%) was much higher (p=0,008) than the simplex WES (15,38%). Segregation strategies are enabled to conclude in high rate specifically for biallelic pathogenic variations (p=0,03). The length of the entire WES procedure can be very long, with an average of 588,42 days. However, there is an important heterogenicity, with a minimal length of 151 days. The neurogeneticist practitioner in an adult neurology unit can reduce this length of 64,66% (p=6.179e-8). Trio WES in adult neurogenetics diseases, associated to a dedicated neurogenetic practice, is an effective diagnostic strategy. He has a complementary role with the very high debit sequencing strategy recently developed in France with the national genomic care plan 2025. Together, we hope that they will reduce the diagnostic delay and succeed the entering for the adult neurogenetics diseases in the precision medicine area, to the gaze of the actual context of emerging genic therapies.
Depuis 2005, et par ces 3 plans nationaux maladies rares la France a cherché à structurer le domaine des maladies rares. Ils ont soutenu et accompagné l’émergence des nouvelles technologies de séquençage à haut débit y compris dans le champ des maladies neurogénétiques adultes. Dans ce travail il a été analysé une cohorte de 73 propositus qui ont eu une WES entre janvier 2016 et juin 2021 dans le centre de référence maladies rares neurogénétiques du CHU d’Angers. Le rendement diagnostic du WES y est de 42,47%. Le rendement diagnostique pour l’épilepsie syndromique y est de 40%, pour les neuropathies périphériques de 40%, pour les dystonies et mouvements anormaux de 40%, pour les leucodystrophies de 16,67%, pour les maladies neurodégénératives avant 55 ans de 50%, pour les ataxies spinocérébelleuses de 41,38%, pour les paraparésies spastiques de 75%, pour les atteintes neurosensorielles de 25%, et pour les myopathies de 100% (1 seul patient). L’approche par WES en trio (47,83%) est bien supérieure (p=0.008) en termes de rendement diagnostique par rapport à l’approche simplex (15,38%). La ségrégation permet une meilleure interprétation des variants en particulier à mécanisme biallélique (p=0,03). La durée de la procédure peut être très longue, avec une durée globale de 588,42 jours en moyenne. Il existe néanmoins une très grande hétérogénéité de cette durée, avec un minimum de 151 jours. La présence d’un neurogénéticien dans un service de neurologie adulte a permis de réduire de 64,66% cette durée (p=6.179e-8). Le WES en trio en neurogénétique adulte associé à une activité de neurogénétique dédiée est donc un bon outil diagnostic qui a toute sa place au côté du séquençage très haut débit mis en place par le plan France médecine génomique 2025. Ensemble, ils vont permettre de réduire l’errance diagnostique et de faire prendre à la neurogénétique adulte un tournant réussi vers la médecine personnalisée, dans un contexte d’émergence des thérapies géniques dans ce domaine.
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Dates et versions

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Identifiants

  • HAL Id : dumas-03559910 , version 1

Citer

Sacha Weber. Intérêt et apport du Whole Exome Sequencing (WES) et de la place du neurogénéticien dans le diagnostic et la prise en charge des maladies neurogénétiques de l’adulte. Médecine humaine et pathologie. 2021. ⟨dumas-03559910⟩
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