Intérêt de l’analyse moléculaire en cluster phylogénétique des personnes vivant avec le VIH pour la lutte contre l’épidémie cachée
Abstract
Réduire l’épidémie cachée de VIH est nécessaire pour espérer atteindre l’objectif de 95% de personnes dépistées, traitées et indétectables. L’analyse phylogénétique des séquences de VIH des patients diagnostiqués et leur regroupement en clusters peut permettre d’identifier des chaînes de transmission et de guider des enquêtes épidémiologiques pour rompre ces chaînes. L’objectif de l’étude était de déterminer dans notre territoire si des clusters pouvaient être identifiés, et de les décrire.
Méthodes
Le premier génotypage de résistance disponible de tous les patients adultes nouvellement diagnostiqués dans l’Eure et la Seine-Maritime entre 2018 et 2023 était analysé. Les séquences étaient reportées sur un arbre phylogénétique et considérées comme appartenant à un cluster si le support de branche était inférieur à 95% et si la distance maximale génétique était inférieure à 4,5%. Les caractéristiques épidémiologiques saisies dans le dossier patient étaient alors décrites et comparées selon que les patients appartenaient ou non à un cluster.
Résultats
283 patients ont été inclus dans l’étude, comprenant 64% d’hommes, 33% de femmes et 3% de personnes transsexuelles. Dans cette population, 33 clusters ont été identifiés, 20 des clusters de 2 personnes, et 13 de 3 personnes ou plus, dont 3 clusters de 7, 8 et 10 personnes. La probabilité d’appartenir à un cluster était significativement accrue pour les personnes de sexe masculin, les HSH et les personnes nées en France. L’âge, la charge virale au diagnostic ainsi que le nombre de lymphocytes T-CD4+ ne différaient pas selon que les patients étaient liés ou non à un cluster.
Conclusion
Dans notre territoire, 36% des nouveaux diagnostics sont reliés à au moins un autre cas dans un cluster. Si 14% d’entre eux sont des dyades en lien avec le dépistage du partenaire d’une personne nouvellement diagnostiquée, certains d’entre eux comprennent jusqu’à 10 membres, et pourraient orienter vers une enquête épidémiologique et la mise en œuvre de mesures ciblées pour interrompre la transmission.
Méthodes
Le premier génotypage de résistance disponible de tous les patients adultes nouvellement diagnostiqués dans l’Eure et la Seine-Maritime entre 2018 et 2023 était analysé. Les séquences étaient reportées sur un arbre phylogénétique et considérées comme appartenant à un cluster si le support de branche était inférieur à 95% et si la distance maximale génétique était inférieure à 4,5%. Les caractéristiques épidémiologiques saisies dans le dossier patient étaient alors décrites et comparées selon que les patients appartenaient ou non à un cluster.
Résultats
283 patients ont été inclus dans l’étude, comprenant 64% d’hommes, 33% de femmes et 3% de personnes transsexuelles. Dans cette population, 33 clusters ont été identifiés, 20 des clusters de 2 personnes, et 13 de 3 personnes ou plus, dont 3 clusters de 7, 8 et 10 personnes. La probabilité d’appartenir à un cluster était significativement accrue pour les personnes de sexe masculin, les HSH et les personnes nées en France. L’âge, la charge virale au diagnostic ainsi que le nombre de lymphocytes T-CD4+ ne différaient pas selon que les patients étaient liés ou non à un cluster.
Conclusion
Dans notre territoire, 36% des nouveaux diagnostics sont reliés à au moins un autre cas dans un cluster. Si 14% d’entre eux sont des dyades en lien avec le dépistage du partenaire d’une personne nouvellement diagnostiquée, certains d’entre eux comprennent jusqu’à 10 membres, et pourraient orienter vers une enquête épidémiologique et la mise en œuvre de mesures ciblées pour interrompre la transmission.
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