Par un examen de l’évolution du rapport entre les instances de l’âme et le corps dans le contexte du développement de la pensée de Descartes, les fonctions que remplit la thèse de la séparation substantielle dans la constitution d’un système de physique sont mises en évidence sous l’horizon d’une requalification de l’exigence de physique entre le projet épistémologique des Règles pour la direction de l’esprit et la physique cartésienne de maturité.