Évaluation d'une technique de rep-PCR semi-automatisée pour le génotypage de souches du complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum au cours de la mucoviscidose - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2013

Évaluation d'une technique de rep-PCR semi-automatisée pour le génotypage de souches du complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum au cours de la mucoviscidose

Abstract

Species of the Scedosporium apiospermum complex rank the second among the filamentous fungi colonizing the airways of patients with cystic fibrosis (CF). It is clearly established now that these fungi may disseminate in case of immunodeficiency and that a chronic colonization of the airways by these pathogens may hinder the success of lung transplantation. In this study, we develop a new genotyping method to investigate the epidemiology of the airway colonization by these fungi. 63 multiple and sequential isolates of S. apiospermum collected from 9 CF patients, and selected among those previously studied by random amplification of polymorphic DNA (RAPD) by Defontaine et at. (2002) were analyzed. using the automated typing system DiversiLab® (bioMerieux) based on PCR amplification of repetitive sequences. Two different rep-PCR kits were compared; the DiverSiLab® Aspergillus and the DiversiLab® Fungal kit. The amplification products were separated by capillary electrophoresison; Each obtained profiles were then compared using. the DiversiLab® software, In addition, species identification of these isolates was clarified by sequencing TUB locus of the P-tubulin gene. The Fungal kit appeared to be more discriminating than the Aspergillus kit. Additionally, rep-PCR usually confirmed the colonization patterns described by RAPD. Only one patients showed distinct genotypes; In conclusion, the automated typing system DiversiLab® proved to be an easy and efficient Method to investigate the molecular epidemiology of the airway colonization by P. boydii / S. apiospermum complex species in CF. Moreover, our results confirm the capacity of the different species from this complex to chronically colonize the airways of CF patients despite the repeated antifungal cures.
Les espèces du complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum sont au second rang des champignons filamenteux colonisant les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose. Il est établi que ces champignons peuvent disséminer lors d'immunodépression et que la colonisation des voies respiratoires par ces pathogènes peut diminuer le succès d'une transplantation pulmonaire. Dans cette étude, nous développons une nouvelle méthode de génotypage pour étudier l'épidémiologie de la colonisation des voies respiratoires par ces champignons. Soixante-trois isolats, multiples et séquentiels, de S. apiospermum, provenant de 9 patients atteints de mucoviscidose, et sélectionnés parmi ceux étudiés précédemment par RAPD (random amplification of polymorphic DNA) par Defontaine et al. (2002) ont été analysés par le système semi-automatique de génotypage : DiversiLab® (Biomérieux), basé sur l'amplification par PCR de séquences répétées de l'ADN (rep-PCR). Deux kits différents ont été comparés : l'Aspergillus kit et le Fungal kit. Les produits d'amplification ont été séparés par électrophorèse capillaire. Les profils obtenus ont ensuite été comparés en utilisant le logiciel DiversiLab®. En parallèle, l'identification au rang d'espèce pour chacun des isolats a été effectuée par séquençage du locus TUB du gène de la β-tubuline. Le Fungal kit s'est avéré plus discriminant que l'Aspergillus kit. La rep-PCR a confirmé le schéma de colonisation décrit par la méthode de RAPD. Seul un patient a présenté des génotypes distincts. En conclusion, le système DiversiLab® de génotypage est une méthode facile et efficace pour étudier l'épidémiologie de la colonisation des voies respiratoires par les espèces du complexe P. boydii / S. apiospermum. De plus, nos travaux confirment la capacité des ces champignons à coloniser de façon chronique les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose malgré des traitements antifongiques répétés.
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Dates and versions

dumas-00916347 , version 1 (10-12-2013)

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  • HAL Id : dumas-00916347 , version 1

Cite

Julien Matray. Évaluation d'une technique de rep-PCR semi-automatisée pour le génotypage de souches du complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum au cours de la mucoviscidose. Sciences pharmaceutiques. 2013. ⟨dumas-00916347⟩
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