Analyse de la diversité génétique chez l'abricotier (Prunus armeniaca L.) à l'aide de marqueurs microsatellites - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2013

Analyse de la diversité génétique chez l'abricotier (Prunus armeniaca L.) à l'aide de marqueurs microsatellites

Adrien Lasnier
  • Function : Author

Abstract

The present work consisted in studying the apricot (Prunus armeniaca L.) genetic diversity and phylogenetic structure through SSRs markers fingerprinting. 25 microsatellite markers, selected to cover the Prunus reference map, were used to genotype 580 apricot accessions. These accessions, and 673 previously genotyped accessions, were gathered to constitute a set of 1253 apricot genetic profiles, most of them coming from Europe, Maghreb, North America, Central Asia and East Asia. Out of the identification of the related accessions, the whole dataset has been analyzed with GENETIX and STRUCTURE softwares. An evident phylogenetic structure has been shown from the origin center probably localized in Central Asia. At least, 3 major diversification phylum have been identified dedicated to Eastern Asia, Mediterranean basin and Central Europe. In addition a comparative analysis of both local cultivars and improved cultivars by breeding has been initiated. This comparison emphasized a lack of genetic diversity among the hybrid varieties, which could be reduced by the use of Asiatic varieties in the hybridization programs.
Ce travail a consisté à étudier la diversité et la structure génétique de l'abricotier (Prunus armeniaca L.), en utilisant des marqueurs microsatellites. 25 marqueurs microsatellites, choisis pour leur répartition sur la carte de référence de Prunus, ont servi à génotyper 580 accessions d'abricotier. Ces accessions ont été ajoutées à 673 accessions génotypées précédemment, pour former un ensemble de 1253 profils génétiques d'abricotiers, originaires principalement d'Europe, du Maghreb, d'Amérique du Nord, d'Asie centrale et d'Asie orientale. Outre l'établissement d'un profil génétique par variété, l'analyse des données par les logiciels GENETIX et STRUCTURE a permis de confirmer l'existence d'une structure phylogénique très marquée depuis le centre d'origine vraisemblablement situé en Asie centrale. A minima, 3 voies de diversification orientées respectivement vers l'Asie de l'Est, le Bassin méditerranéen et l'Europe centrale ont été identifiées. De manière complémentaire, la comparaison entre les accessions dites patrimoniales, qui ont un lien ancien avec leur région de culture, et les accessions hybrides, issues de programmes d'amélioration, a permis d'identifier un déficit de diversité chez les variétés hybrides, qui pourrait être diminué par l'apport de variétés asiatiques dans les programmes d'hybridation.
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Dates and versions

dumas-00976659 , version 1 (10-04-2014)

Identifiers

  • HAL Id : dumas-00976659 , version 1

Cite

Adrien Lasnier. Analyse de la diversité génétique chez l'abricotier (Prunus armeniaca L.) à l'aide de marqueurs microsatellites. Sciences agricoles. 2013. ⟨dumas-00976659⟩
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