Les déterminismes génétiques de la tolérance au froid et de la précocité chez l’orge
Résumé
Barley (Hordeum vulgare) is the fourth cereal in the world. In our days, environmental conditions are changing and climatic hazards multiply. The Limagrain barley breeding team wants to develop adapted varieties to these new constraints. For this, it is necessary to understand the genetic determinism of abiotic stress tolerance and barley phenology. The theme of this internship proposes to explore two important aspects for adaptability and which are closely related: earliness and frost tolerance. To better understand the genetic determinants of earliness and frost tolerance, genome wide association studies (GWAS) and genomic selection were performed. 183 QTLs were detected in 40 populations of inbred lines and for a set of six variables. Some of these loci colocalize with genes important in earliness and frost tolerance mechanisms. The identified QTLs will be directly used to improve the material from which they were detected. Data analysis will be improved by taking into account environmental variables and a comparison between genomic selection and association analysis.
L’orge (Hordeum vulgare) est la quatrième céréale mondiale. De nos jours, les conditions environnementales sont changeantes et les aléas climatiques se multiplient. L’équipe de sélection orge de Limagrain souhaite développer des variétés adaptées à ces nouvelles contraintes. Pour cela, il est nécessaire de mieux comprendre le déterminisme génétique de la tolérance aux stress abiotiques et la phénologie de l’orge. Le thème de ce stage propose d’étudier deux aspects importants pour l’adaptabilité recherchée et qui sont étroitement liés : la précocité et la tolérance au froid. Afin de mieux connaître les déterminants génétiques de la précocité et de la tolérance au froid, des études d’association et de sélection génomique ont été réalisées. Au total, 183 QTLs ont été détectés dans 40 populations de lignées en cours de sélection et pour un ensemble de 6 variables. Une partie de ces loci colocalise avec des gènes importants des mécanismes de précocité et de tolérance au froid. Les QTLs identifiés pourront être directement utilisés pour améliorer le matériel dans lequel ils ont étaient détectés. Un approfondissement du traitement des données prenant davantage en compte des variables environnementales est envisagé ainsi qu’une comparaison entre sélection génomique et analyse d’association.
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