Génotypage et détection des mutations de gyrA par PCR HRM de Campylobacter isolé chez l’Homme et l’animal à La Réunion

Résumé : Introduction : Campylobacter est la première étiologie d’entérites aiguës bactériennes en France. Sa transmission à l’Homme repose principalement sur la consommation d’aliments contaminés (viandes de poulet, de porc, …). Les voies de transmission de cette zoonose n’ont jamais été étudiées à La Réunion et leurs connaissances passent par le génotypage de la bactérie. Deux techniques de typage ont été adaptées et testées au laboratoire du CHU Sud Réunion. En complément, une technique de détection moléculaire de la résistance aux fluoroquinolones a été développée. Méthodes : Une méthode de typage uni-locus en PCR HRM du gène flaA ainsi qu’une méthode multi-loci dérivée de la MLST ont été utilisées pour typer des souches de Campylobacter isolées à La Réunion chez l’Homme, le poulet et le porc. Les mutations de résistance de gyrA ont été recherchées par PCR HRM. Résultats : 76 C. jejuni d’origine humaine ont été typés. Parmi les 73 isolats typables par MLST, 63 ST différents ont été déterminés alors que seuls 6 clusters ont été retrouvés en PCR HRM flaA (avec respectivement pour les deux techniques une typabilité de 96,1 % et 97,3 % et un index de pouvoir discriminant de 0,99 et 0,80). 52 C. coli d’origine humaine et porcine ont été typés en PCR HRM flaA et 6 clusters ont été retrouvés (typabilité de 98,1 % et index de pouvoir discriminant de 0,77). La technique de recherche des mutations de gyrA a permis de déterminer la sensibilité aux fluoroquinolones de 73 C. jejuni sur 76 (typabilité de 96 %, sensibilité et spécificité de 100 %). Discussion : La technique de génotypage dérivée de la MLST montre une diversité génétique importante de C. jejuni chez l’Homme à La Réunion. Elle s’est avérée plus discriminante que la PCR HRM flaA pour typer cette espèce et semble être une technique de choix pour comparer les génotypes retrouvés dans diverses niches écologiques. D’autre part, la détection de la résistance aux fluoroquinolones par PCR HRM sur gyrA s’est avérée sensible, spécifique, rapide et peu coûteuse.
Type de document :
Mémoires
Médecine humaine et pathologie. 2016
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Soumis le : samedi 29 octobre 2016 - 12:16:36
Dernière modification le : mercredi 23 août 2017 - 16:33:56

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Naël Zemali. Génotypage et détection des mutations de gyrA par PCR HRM de Campylobacter isolé chez l’Homme et l’animal à La Réunion. Médecine humaine et pathologie. 2016. 〈dumas-01389763〉

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