Génotypage et détection des mutations de gyrA par PCR HRM de Campylobacter isolé chez l’Homme et l’animal à La Réunion - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2016

HRM PCR assay for genotyping and detection of gyrA mutations of Campylobacter isolated from humans and animals in Reunion Island

Génotypage et détection des mutations de gyrA par PCR HRM de Campylobacter isolé chez l’Homme et l’animal à La Réunion

Résumé

Introduction: Campylobacter is the first etiology of acute bacterial enteritis in France. Its transmission to humans is mainly based on the consumption of contaminated food (chickens, pigs, ...). Routes of transmission of this zoonotic disease have not been studied yet in Reunion Island and genotyping of the bacteria is necessary for this knowledge. Two typing techniques have been adapted and tested at the University Hospital of Saint-Pierre (Reunion Island). Moreover, molecular detection of fluoroquinolone resistance was developed. Methods: A single-locus typing method based on HRM PCR of flaA and a multi-loci method derived from MLST were used for typing Campylobacter strains isolated in Reunion Island from humans, chickens and pigs. gyrA resistance mutations were investigated by HRM PCR. Results: 76 C. jejuni isolated from humans were typed. Among 73 MLST typeable isolates, 63 different ST were determined but only 6 clusters were found with the HRM PCR method (respectively for both techniques a typeability of 96.1% and 97.3% and a discriminating power index of 0.99 and 0.80). 52 C. coli isolated from humans and pigs were typed with flaA HRM PCR and 6 clusters were found (typeability: 98.1% and discriminating power index: 0.77). gyrA mutations detection method was able to determine fluoroquinolone susceptibility in 73 C. jejuni of 76 (typeability: 96%, sensitivity and specificity: 100%). Discussion: Genotyping method derived from MLST shows a significant C. jejuni genetic diversity in humans in Reunion Island. It proved to be more discriminating than flaA HRM PCR to type this species and appears to be an appropriate technique for comparing genotypes found in various ecological niches. Furthermore, detection of fluoroquinolone resistance by gyrA HRM PCR was sensitive, specific, rapid and cost effective.
Introduction : Campylobacter est la première étiologie d’entérites aiguës bactériennes en France. Sa transmission à l’Homme repose principalement sur la consommation d’aliments contaminés (viandes de poulet, de porc, …). Les voies de transmission de cette zoonose n’ont jamais été étudiées à La Réunion et leurs connaissances passent par le génotypage de la bactérie. Deux techniques de typage ont été adaptées et testées au laboratoire du CHU Sud Réunion. En complément, une technique de détection moléculaire de la résistance aux fluoroquinolones a été développée. Méthodes : Une méthode de typage uni-locus en PCR HRM du gène flaA ainsi qu’une méthode multi-loci dérivée de la MLST ont été utilisées pour typer des souches de Campylobacter isolées à La Réunion chez l’Homme, le poulet et le porc. Les mutations de résistance de gyrA ont été recherchées par PCR HRM. Résultats : 76 C. jejuni d’origine humaine ont été typés. Parmi les 73 isolats typables par MLST, 63 ST différents ont été déterminés alors que seuls 6 clusters ont été retrouvés en PCR HRM flaA (avec respectivement pour les deux techniques une typabilité de 96,1 % et 97,3 % et un index de pouvoir discriminant de 0,99 et 0,80). 52 C. coli d’origine humaine et porcine ont été typés en PCR HRM flaA et 6 clusters ont été retrouvés (typabilité de 98,1 % et index de pouvoir discriminant de 0,77). La technique de recherche des mutations de gyrA a permis de déterminer la sensibilité aux fluoroquinolones de 73 C. jejuni sur 76 (typabilité de 96 %, sensibilité et spécificité de 100 %). Discussion : La technique de génotypage dérivée de la MLST montre une diversité génétique importante de C. jejuni chez l’Homme à La Réunion. Elle s’est avérée plus discriminante que la PCR HRM flaA pour typer cette espèce et semble être une technique de choix pour comparer les génotypes retrouvés dans diverses niches écologiques. D’autre part, la détection de la résistance aux fluoroquinolones par PCR HRM sur gyrA s’est avérée sensible, spécifique, rapide et peu coûteuse.
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Dates et versions

dumas-01389763 , version 1 (29-10-2016)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01389763 , version 1

Citer

Naël Zemali. Génotypage et détection des mutations de gyrA par PCR HRM de Campylobacter isolé chez l’Homme et l’animal à La Réunion. Médecine humaine et pathologie. 2016. ⟨dumas-01389763⟩
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