Évaluation de la précision des modèles de prédiction de la qualité boulangère du blé tendre (Triticum aestivum L.)

Résumé : La qualité boulangère est déterminante pour l’inscription d’une variété de blé au catalogue français. C’est un caractère complexe qui se mesure par des tests de panification ou par des mesures physiques sur la pâte (alvéographe). La sélection génomique pourraît augmenter le gain génétique par unité de temps ou de coût sur ces caractères. L’objectif est de définir la taille de la population de calibration, le nombre de marqueurs moléculaires et le modèle statistique optimaux pour établir l’équation de prédiction. Au total, 716 lignées et 10 124 SNPs provenant des programmes de sélection Limagrain et 370 lignées et 172 074 marqueurs INRA-Agri-Obtentions sont analysés. L’architecture de 14 caractères est décrite grâce aux résultats d’études d’association. Différents modèles de prédiction adaptés à des caractères contrôlés par de nombreux gènes à effets faibles (GBLUP) ou quelques gènes à effets forts (Bayes Cπ) sont testés. Alors que 5000 marqueurs tirés au hasard sont suffisants pour permettre une précision optimale avec un GBLUP classique, la sélection de 1000 marqueurs indépendants associés au caractère améliore les prédictions de tous les caractères, jusqu’à un facteur 3 pour la note de panification Limagrain. Le modèle and Bayes Cπ donne des précisions équivalentes au GBLUP. La taille de la population de calibration devra être augmentée pour stabiliser les précisions de prédiction. Les modèles nécessitent une validation sur des jeux de données indépendants.
Type de document :
Mémoires
Sciences du Vivant [q-bio]. 2016
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Soumis le : lundi 28 novembre 2016 - 11:27:35
Dernière modification le : mercredi 21 mars 2018 - 16:08:05
Document(s) archivé(s) le : lundi 20 mars 2017 - 18:16:05

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Pierre Colin. Évaluation de la précision des modèles de prédiction de la qualité boulangère du blé tendre (Triticum aestivum L.). Sciences du Vivant [q-bio]. 2016. 〈dumas-01404001〉

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