La fréquence et les conséquences de la contamination virale de l'eau destinée à la consommation humaine sont très mal connues en raison des très faibles concentrations virales apparentes rencontrées. L'ultrafiltration tangentielle et l'amplification des acides nucléiques viraux par réaction de polymérisation en chaîne permettent une analyse virologique rapide, sensible et spécifique de l'eau d'alimentation. Ce procédé peut s'appliquer à des échantillons hydriques de grande taille et à des virus non détectables par inoculation de cultures cellulaires ou se multipliant très lentement. Son application à d'autres virus, fréquemment impliqués dans des gastro-entérites d'origine hydrique, notamment le virus de Norwalk et les adénovirus, reste à évaluer. La rapidité d'obtention du résultat, généralement une journée, voire moins avec l'apparition de kits pour le diagnostic très performants, en font un outil privilégié pour les instances sanitaires en charge de la qualité de l'eau d'alimentation. Toutefois le coût élevé de l'analyse reste un obstacle à une large utilisation en routine. L'analyse d'échantillons d'eau d'alimentation, prélevés sur différents réseaux dans le département de l'Isère, montre que des virus pathogènes pour l'homme ou l'animal peuvent être présents en l'absence de germes tests bactériens, y compris dans des eaux traitées, réputées de bonne qualité microbiologique. Leur présence indique une contamination des ressources hydriques par des matières fécales d'origines humaine ou animale, et une insuffisance ou une anomalie des traitements de potabilisation couramment appliqués. Bien que le pouvoir infectieux des virus détectés n'aient pas pu être mis en évidence, il semble fort probable que les acides nucléiques viraux amplifiés provenaient de particules virales intactes, susceptibles de provoquer une infection dans la population. La morbidité liée à la présence de virus dans l'eau d'alimentation est certainement sous-estimée et bénigne. Elle ne pourra réellement être évaluée qu'à travers une étude épidémiologique de grande envergure, couplant une analyse régulière d'échantillons hydriques à un recueil des affections d'origine virale dans la population. Un tel travail devrait également permettre de discerner l'indicateur viral le plus prédictif de la survenue de pathologies, et le plus pertinent. Dans l'attente de résultats épidémiologiques complémentaires et d'une stratégie analytique officialisée, une démarche qualité devra être appliquée à la production d'eau destinée à l'alimentation depuis son origine jusqu'au robinet du consommateur. Cette ambition prévaut particulièrement dans un département qui rayonne à travers la richesse de son patrimoine écologique et qui peut se targuer de ses immenses réserves hydriques glaciaires.