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Master Thesis

Mise au point d'une méthode de quantification de l'ARN plasmatique spécifique des VIH-1 groupe M

Résumé : Les propriétés intrinsèques du VIH, comme son fort taux de réplication et la faible fidélité de sa transcriptase inverse, sont responsables de sa forte diversité génétique, conduisant à la distinction en VIH de type 1, divisé en 4 groupes (VIH-1/M, /N, /O, et /P), et de type 2. Des phénomènes de recombinaison entre sous-types et groupes du VIH-1 permettent la genèse de virus recombinants. Cette recombinaison, selon sa localisation dans le génome, peut avoir un impact sur la quantification de l'ARN viral plasmatique. Dans notre contexte d’étude de co-infection par des VIH-1/M+O et d’infection par des recombinants VIH-1/MO, des méthodes de quantification spécifiques de groupes sont utiles pour distinguer les espèces virales réplicatives. L’objectif de ce travail était donc de mettre au point une qRT-PCR spécifique du VIH-1/M, amplifiant une région de l’intégrase. La spécificité de notre technique a été analysée sur 30 surnageants de VIH-1/O. Ses performances cliniques ont été étudiées sur 200 échantillons de VIH-1/M. Son seuil de quantification, sa répétabilité et sa reproductibilité ont également été déterminés. Aucun VIH-1/O n’a été amplifié. Le seuil de quantification a été établi à 100 copies/mL et les répétabilité et reproductibilité obtenues étaient très bonnes. La sensibilité clinique a montré une bonne corrélation entre la qRT-PCRINTM et la technique de référence non spécifique de groupe Abbott (r²=0,905), avec néanmoins une légère quantification plus élevée par la qRT-PCR INTM dans les charges virales hautes. 8% des échantillons n’ont pas été quantifiés avec notre technique et 9,8% présentaient une discordance (>0,5log10 copies/mL) entre les 2 techniques. Le séquençage dans la région de l’intégrase des échantillons discordants a permis seulement d’évoquer une tendance à un risque de sous-quantification, lorsque sont présentes la mutation G19A au niveau du site de fixation de l’amorce sens et/ou la mutation W18C au niveau du site de fixation de la sonde. Le développement de cette qRT-PCRINTM offre donc un outil supplémentaire pour le diagnostic et le suivi des co-infections VIH-1/M+O et des infections par un recombinant MO associé à une ou aux deux formes parentales.
Document type :
Master Thesis
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-02464174
Contributor : Bibliothèque Santé <>
Submitted on : Monday, February 3, 2020 - 9:12:53 AM
Last modification on : Wednesday, April 1, 2020 - 1:25:58 AM
Long-term archiving on: : Monday, May 4, 2020 - 1:24:09 PM

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GICQUEL-Albane.pdf
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  • HAL Id : dumas-02464174, version 1

Citation

Albane Gicquel. Mise au point d'une méthode de quantification de l'ARN plasmatique spécifique des VIH-1 groupe M. Sciences pharmaceutiques. 2019. ⟨dumas-02464174⟩

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