Évaluation des performances microbiologiques et de l'impact pré-clinique potentiel de la PCR multiplexe ePlex-BCID® (GenMark Diagnostics) pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies: Hemofast I - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2019

Evaluation of the microbiological performances and potential clinical impact of the ePlex-BCID® multiplex PCR for rapid diagnosis of bloodstream infections

Évaluation des performances microbiologiques et de l'impact pré-clinique potentiel de la PCR multiplexe ePlex-BCID® (GenMark Diagnostics) pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies: Hemofast I

Abstract

Introduction: Novel rapid diagnosis tools are needed to improve the outcome of bloodstream infections (BSI), as conventional diagnosis techniques currently need 24 to 48 hours to yield a complete result (of both identification and antimicrobial susceptibility testing). Methods: The ePlex-BCID® system is a multiplex PCR performing identification in 1.5 hours of 56 bacterial and fungal targets, along with 10 resistance markers, directly from positive blood culture bottles. We assessed its microbiological performances on 187 BSI episodes of bacteraemia and fungemia. Retrospective analysis of its potential clinical impact has also been determined for 158 of these episodes. Results: A global agreement rate of 93% has been found for the ePlex® multiplex PCR method compared to our current diagnosis strategy after exclusion of off-panel and true positive results. All samples together, correct identification to the genus and species level was found respectively in 173/187 (92.5%) and 148/187 (79%) of the BSI episodes. 100% of the resistance markers were detected. All the micro-organisms were correctly identified to the genus level in 87.5% of the polymicrobial blood cultures. The empiric anti-microbial treatment would have been modified in 45% of the episodes based on the results of the test. The test would have misled the clinician’s decision in 4.4% of the episodes. Conclusion: The ePlex-BCID® system showed promising microbiological performances and potential clinical impact, that still needs to be confirmed in a prospective randomized trial.
Introduction : Afin d’améliorer le pronostic des bactériémies et des fongémies, il semble aujourd’hui nécessaire de disposer de nouveaux tests rapides car les stratégies conventionnelles nécessitent environ 24 à 48h pour l’obtention de l’identification du ou des pathogènes en cause et la détermination de leur sensibilité aux anti-infectieux. Méthode : Les performances microbiologiques de la PCR multiplexe ePlex-BCID® (GenMark Diagnostics), permettant une identification de 56 bactéries et levures et de 10 marqueurs de résistance, en 1h30 à partir du flacon d’hémoculture positif, ont été évaluées sur 187 épisodes de bactériémie et fongémie. Une étude rétrospective de l’impact clinique potentiel des résultats obtenus a été réalisée sur 158 épisodes. Résultats : Une concordance de 93% pour l’identification des micro-organismes et des marqueurs de résistance présents dans le panel de la PCR multiplexe a été observée par rapport à la stratégie de diagnostic par subculture. Une identification fiable du genre et de l’espèce, tous micro-organismes confondus, a été obtenue dans 173/187 (92,5%) et 148/187 (79%) des épisodes respectivement. 100% des marqueurs de résistance et 87,5% des épisodes polymicrobiens ont été correctement identifiés. L’ePlex-BCID aurait fait modifier le traitement anti-infectieux dans 45% des cas. Il aurait induit 4,4% de décision erronées par les cliniciens. Conclusion : L’ePlex-BCID montre des performances microbiologiques et un impact potentiel prometteurs, qui devront être confirmés dans un essai prospectif contrôlé.
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dumas-02481807 , version 1 (17-02-2020)

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Cite

Sabrina Bryant. Évaluation des performances microbiologiques et de l'impact pré-clinique potentiel de la PCR multiplexe ePlex-BCID® (GenMark Diagnostics) pour le diagnostic rapide des bactériémies et fongémies: Hemofast I. Médecine humaine et pathologie. 2019. ⟨dumas-02481807⟩
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