Les pratiques agricoles actuelles dans le bassin cotonnier béninois situé au Nord-Est du pays impliquent l’utilisation massive de pesticides qui constituent les polluants majeurs dans cette zone. La présente étude réalisée en saison pluvieuse, a utilisé l’histologie des organes, les indices morpho-physiologiques et les paramètres de croissance comme biomarqueurs complémentaires d’évaluation de l’état de santé d’Oreochromis niloticus prélevé en eau libre, élevé en enclos et en happas dans deux retenues d’eau du Nord-Bénin. Il s’agit de la retenue d’eau de Songhaï, milieu de référence, située hors du bassin cotonnier et de la retenue d’eau de Batran située dans la commune la plus consommatrice de pesticides au Bénin. Les résultats histologiques montrent que les gonades, le foie et le rein d’Oreochromis niloticus prélevé à Batran sont les plus affectés par des altérations qui sont en majorité régressives. Quelle que soit la retenue d’eau et quel que soit le sexe, tous les six stades de développement sont présents dans les gonades. L’effet cocktail des pesticides dans la retenue de Batran semble être androgénique i.e. ce mélange complexe de pesticides retarde la maturation des ovocytes et accélère celle des spermatozoïdes. Le foie et le testicule sont les organes d’Oreochromis niloticus les plus altérés. La santé générale des poissons de la retenue d’eau Batran est dangereusement plus affectée comparativement à Songhaï, de même, les poissons mâles sont les plus affectés. Quel que soit le mois, les poissons capturées en eau libre présentent l’indice gonado-somatique (IGS), l’indice hépato-somatique (IHS) et l’indice de condition (K) significativement plus élevés à Songhaï comparativement à Batran (p<0,05 pour les femelles). Dans une même retenue d’eau, quel que soit le sexe, les valeurs des indices biométriques sont plus élevées en happas comparativement aux enclos. Tous les indices biométriques des poissons pris à Songhaï dans les enclos sont supérieurs à ceux prélevés à Batran ; seuls les indices IHS et K des femelles montrent une différence significative (p<0,05). Dans les happas, les indices biométriques des poissons pris à Songhaï sont supérieurs à ceux prélevés à Batran avec une différence significative entre K des femelles (p<0,05). Indépendamment de la retenue d’eau, le gain de poids moyen (GP), le gain moyen quotidien individuel (GMQ) et le taux de croissance spécifique (TCS) sont significativement plus élevés en happas (p<0,05). En comparaison à la retenue d’eau de Batran, les poissons élevés dans la retenue d’eau de Songhaï présentent significativement les meilleurs paramètres de croissance (p<0,05).