Systématisation d’interprétation des données de séquençage à haut débit : application au diagnostic des maladies neuromusculaires - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2020

Systématisation d’interprétation des données de séquençage à haut débit : application au diagnostic des maladies neuromusculaires

Abstract

Introduction : l'arrivée du séquençage à haut débit dans la pratique clinique a révolutionné le diagnostic génétique et a lancé l'ère de la médecine génomique. Les exigences du diagnostic moléculaire a nécessité des efforts importants pour améliorer la qualité des données obtenues. Par exemple, des critères de qualité comportant notamment l’analyse de la « couverture » et de la « profondeur de lecture » de la séquence d’intérêt doivent être pris en compte dans l’interprétation des résultats. Un autre enjeu majeur est la problématique de l’interprétation des données de séquence obtenues, nécessitants des efforts nationales et internationales pour standardiser les façons d’interpréter les résultats. Enfin, devant le nombre de variants de signification inconnue identifiés par les tests de séquençage à haut débit, il y a un besoin d’établir des tests fonctionnels pour déterminer l’impact de ces variants sur le fonctionnement de la protéine ou sur l’épissage d’ARN messager. Méthodes : pour visualiser les données de couverture, nous avons développé et mis en place dans notre laboratoire un outil de visualisation de la couverture des panels diagnostics de gènes, CovReport. Nous avons ensuite effectué un travail de synthèse bibliographique pour mettre à jour les recommandations françaises pour l’interprétation des variants obtenu par séquençage à haut débit. Enfin, nous avons mis en place un test fonctionnel d’épissage in vitro par l’approche « minigènes » pour la majorité des exons de CAPN3, le gène responsable d’une forme majeure des dystrophies musculaires des ceintures. Résultats : Le logiciel CovReport, développé au sein de notre laboratoire, permet d'évaluer d'un seul clup d'œil la performance du test de séquençage pour aider le prescripteur dans la démarche diagnostique. Plus de 1500 tests diagnostiques de séquençage par panel de gènes au Laboratoire de génétique moléculaire (Hôpital Timone, l’AP-HM) ont été rendus avec l’aide de ce logiciel depuis juin 2018. Nous avons aussi émis des propositions pour la mise à jour des recommandations françaises en prenant en compte les nombreuses publications récentes avec des précisions pour les critères initiaux et de recommandations gène-spécifiques. La nouvelle version de ces recommandations est actuellement en cours de validation par les réseaux NGS-Diag et l’ANPGM avant d’être publiée et diffusée aux laboratoires de diagnostic génétique en France. Enfin, en utilisant le test fonctionnel développé, nous avons identifié des variants faux-sens avec un effet sur l’épissage du gène CAPN3. Les résultats de ce test ont permis de réévaluer la signification clinique de sept sur 24 variants testés. Conclusion : nos efforts dans la mise en place de la technologie de séquençage à haut débit à visée diagnostique, en coordination avec des initiatives nationales et internationales, permettent d’améliorer le diagnostic des maladies neuromusculaires et d’en diminuer l’errance diagnostique pour les patients atteints de ces maladies rares.
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Dates and versions

dumas-02950897 , version 1 (28-09-2020)

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  • HAL Id : dumas-02950897 , version 1

Cite

Svetlana Gorokhova. Systématisation d’interprétation des données de séquençage à haut débit : application au diagnostic des maladies neuromusculaires. Sciences du Vivant [q-bio]. 2020. ⟨dumas-02950897⟩
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