Evaluation of the impact of Atlantic salmon ecological restoration in the Garonne-Dordogne basin thanks to DNA fingerprints - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2020

Evaluation of the impact of Atlantic salmon ecological restoration in the Garonne-Dordogne basin thanks to DNA fingerprints

Évaluation de l'impact de la restauration écologique du saumon Atlantique dans le bassin Garonne-Dordogne grâce aux empreintes génétiques

Louarn Fauchet
  • Function : Author

Abstract

This study is the first study using pedigree information established by DNA fingerprinting in a restoration program, here Atlantic salmon in the Dordogne-Garonne rivers, at a so large scale worldwide. The period covers 11 years of restoration from 2008 to 2019. It considers a very large data set composed of the pedigree of 10290 individuals genotyped at 9 DNA microsatellite markers and the information provided by the restocking of nearly 15 million individuals. The use of DNA parentage assignment provides unambiguous information to evaluate the impact of Public support in the conservation of biodiversity. Main results were that: the stocking strategy at fry stage was the more efficient, one generation in captivity does not decrease return rate, the increase of inbreeding through the rearing process is limited and mostly determined at the creation of the F1 generation. The access to the pedigree allows also to establish that more than 60 % of the F0 parents were originated from the hatchery process, this figure confirming the need to apply adapted breeding practices minimizing the risk of inbreeding. Finally, the recent increase of the proportion of wild born individuals in the last two years is favorable to hypothesize that the restauration program has a significant effect to establish a perennial and sustainable population. The MIGADO stocking program also cumulate expertise and develop specific know-how usable also for other restocking programs to audit, to monitor and to improve restoration of endangered populations or species in using genomic information.
Cette étude est la première mondiale à utiliser l’information établie par les marqueurs génétiques pour un programme de restauration, ici le saumon Atlantique dans le bassin Garonne-Dordogne, à une telle échelle. L’étude couvre 11 ans de restauration de 2008 à 2019 avec le pedigree de 10290 individus génotypé à 9 marqueurs microsatellite ainsi que l’information apportée par près de 15 millions d’individus repeuplés. L’utilisation de l’assignation à parenté donne des informations fiables pour évaluer l’impact du support public dans la conservation de la biodiversité. Les principaux résultats sont : le repeuplement au stade alevins est le plus efficace, une génération de captivité ne diminue le taux de retour, l’augmentation de la consanguinité lors du processus de repeuplement est limitée et due principalement à la création de la génération F1. Étant donné que le cheptel de F0 est composé à plus de 60% de parents issus du repeuplement, il est nécessaire d’adapté le processus pour limiter la consanguinité. Enfin, la récente augmentation de la proportion des individus nés sauvages les deux dernières années oriente vers l’hypothèse d’un programme de restauration ayant un effet significatif pour établir une population durable. Le programme de repeuplement de MIGADO a permis d’accumuler de nombreuses connaissances pour gérer et améliorer d’autres programmes sur des populations en dangers en utilisant l’information génétique.
Fichier principal
Vignette du fichier
2020-FAUCHET-Louarn-Halieutique.pdf (1.35 Mo) Télécharger le fichier
Origin : Files produced by the author(s)

Dates and versions

dumas-02975357 , version 1 (22-10-2020)

Identifiers

  • HAL Id : dumas-02975357 , version 1

Cite

Louarn Fauchet. Evaluation of the impact of Atlantic salmon ecological restoration in the Garonne-Dordogne basin thanks to DNA fingerprints. Life Sciences [q-bio]. 2020. ⟨dumas-02975357⟩
43 View
30 Download

Share

Gmail Facebook X LinkedIn More