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Master Thesis

Analyse rétrospective et reclassification des variants DYSF dans une grande cohorte de patients français

Résumé : L’arrivée récente du NGS et le développement de recommandations internationales pour l’interprétation des variants ont profondément changé l’approche diagnostique en génétique clinique. Par conséquent beaucoup de variants initialement considérés comme pathogènes ont été déclassés à la lumière de ces nouvelles données. Malheureusement des variants mal classés sont toujours présents dans la littérature et les bases de données, ce qui interfère grandement avec l’interprétation des résultats de séquençage. Malgré l'urgence, les efforts à grande échelle pour mettre à jour les classifications de ces variants ne sont toujours pas suffisants. Nous avons reclassé rétrospectivement 176 variants du gène DYSF identifiés depuis 2001 chez les patients français atteints de dyferlinopathies dans la cohorte du Département de Génétique Médicale de Marseille. En parallèle, nous avons testé les capacités d'aide au diagnostic des nouveaux outils de classification. Comme la majorité des variants a été initialement classée avant l’implémentation de la classification ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics, 2015), ce sont 18 de ces variants qui ont été reclassés en variants de signification inconnue et (probablement) bénins. Nous avons alors mis à jour les informations de ces variants dans les bases de données, et soumis les 35 nouveaux variants dans la base de données LOVD (Leiden Online Variation Database). Les nouveaux outils de classification ne doivent rester qu'une aide au diagnostic car leur marge d'erreur est trop importante. Outre le bénéfice direct pour le diagnostic des dysferlinopathies, notre étude contribue à l'effort nécessaire pour réanalyser les variants des cohortes publiées précédemment et pour travailler avec les curateurs des bases de données de variants afin de mettre à jour les entrées des variants classés de manière erronée.
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https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-03100465
Contributor : Faculté de Médecine Amu <>
Submitted on : Wednesday, January 6, 2021 - 4:20:40 PM
Last modification on : Friday, January 8, 2021 - 3:26:53 AM

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  • HAL Id : dumas-03100465, version 1

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Théo Charnay. Analyse rétrospective et reclassification des variants DYSF dans une grande cohorte de patients français. Sciences du Vivant [q-bio]. 2020. ⟨dumas-03100465⟩

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