Évaluation d’un changement de techniques de laboratoire pour la recherche de mycobactéries non tuberculeuses chez des patients atteints de mucoviscidose - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2020

Evaluation of a change in laboratory methods for the detection of non-tuberculous mycobacteria in patients with cystic fibrosis

Évaluation d’un changement de techniques de laboratoire pour la recherche de mycobactéries non tuberculeuses chez des patients atteints de mucoviscidose

Abstract

Decontamination of sputum from patients with cystic fibrosis for the detection of non-tubercular mycobacteria (NTM) is essential to limit the risk of contamination of the culture media by the bacterial flora. This decontamination in CHU takes place in two stages: NaOH NALC then addition of oxalic acid. The objective of this study is to compare contamination rate and viability of NTM by a simple decontamination with NaoH-NALC (D1) or double decontamination (D2). This study took place at the CAEN University Hospital from 27/12/19 to 21/07/20 with the inclusion of 42 patients, i.e. 76 sputum. 4 patients tested positive for NTM (9 samples), 2 for MABSC (already known), 1 for M. lentiflavium, 1 for a contaminating NTM : M. gordonae. A difference in the growth time on positive patients was observed on a 4/9 samples with a 10 to 14 days faster growth time in favour of D1 (the average growth time on D1 is 14.4 days compared to 27.8 days for D2) and an exclusive push on the D1 for 2 samples from the same patient. The contamination rate of the media is higher on D1: 29% versus 9% on D2. This study shows that oxalic acid does have an impact on the viability of NTM iand it may lead to an underestimation of the number of NTM identified in patients with cystic fibrosis. It seems to us then essential to change seeding techniques. At present, all sputum will be decontaminated by protocol D1. Contaminated samples will be treated by the D2 method, in a second step if necessary.
La décontamination des expectorations chez les patients ayant la mucoviscidose pour la recherche de mycobactéries non tuberculeuses (MNT) est indispensable pour limiter le risque de contamination des milieux de culture par la flore bactérienne. Cette décontamination se déroule au CHU en deux étapes : NaOH NALC puis ajout de l’acide oxalique. L’objectif de cette étude est de comparer le taux de contamination et la viabilité des MNT par une simple décontamination par NaOH-NALC (D1) ou une double décontamination (D2). Cette étude s’est déroulée au CHU de CAEN du 27/12/19 au 21/07/20 avec l’inclusion de 42 patients (76 expectorations). 4 patients (9 prélèvements) se sont révélés positifs à MNT, 2 à MABSC (déjà connus), 1 à M. lentiflavium et 1 à une MNT contaminante : M. gordonae. Une différence du temps de croissance sur les patients positifs a été observée sur 4/9 prélèvements avec une croissance plus rapide de 10 à 14 jours en faveur de la D1 (moyenne de croissance de 14,4 jours pour D1 contre 27,8 jours pour D2) et une croissance exclusive sur la D1 pour 2 prélèvements d’une même patiente. Le taux de contamination des milieux est plus important sur la D1 : 29% versus 9% pour la D2. Cette étude montre que l’acide oxalique a bien un impact sur la viabilité des MNT et peut entraîner une sous-estimation du nombre de MNT identifié chez les patients ayant la mucoviscidose. Il nous semble alors indispensable de changer de techniques d'ensemencement. À présent toutes les expectorations seront décontaminées par le protocole D1. Les prélèvements contaminés seront techniqués par la méthode D2, dans un deuxième temps si nécessaire.
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Dates and versions

dumas-03103433 , version 1 (08-01-2021)

Identifiers

  • HAL Id : dumas-03103433 , version 1

Cite

Adeline Letrouit. Évaluation d’un changement de techniques de laboratoire pour la recherche de mycobactéries non tuberculeuses chez des patients atteints de mucoviscidose. Sciences pharmaceutiques. 2020. ⟨dumas-03103433⟩
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