Analyse du microbiome fongique et bactérien dans les sinusites fongiques chroniques - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2019

Analysis of fungal and bacterial microbiome in chronic fungal rhinosinusitis

Analyse du microbiome fongique et bactérien dans les sinusites fongiques chroniques

Résumé

In fungal ball rhinosinusitis, fungal hyphae are observed on direct examination (DE) of biopsy samples but culture remains negative in most cases. This could be the result of microbial interactions weakening the fungus. The aim of this study was to describe and analyze bacterial and fungal microbiota by targeted metagenomics in fungal balls and find possible microbial. A total of 44 sinus biopsies were studied from 44 patients who underwent surgery for chronic rhinosinusitis from 2015 to 2017 in Paris. DNA was extracted and fungal ITS2 loci and bacterial V3-V4 16S ribosomal DNA locus were amplified and sequenced (MiSeqTM Illumina). Microbial diversity was analyzed with QIIME, associated with UNITE and SILVA databases for ITS and 16S, respectively. These data were compared to microbiological and clinical data. Among these 44 patients, 37 had fungal balls and 7 had non-fungal chronic rhinosinusitis (controls). Among the 37 fungal balls, DE and culture were positive for fungi in 97.2% and 32.4% of biopsies, respectively. Targeted metagenomic analysis yielded 56 fungal taxa and 122 bacterial taxa. Using principal coordinate analysis (Bray-Curtis distance; permanova test), a significantly different bacterial and fungal metagenomic profiles in patients with fungal balls compare to controls was found (p=0.047 and p<0.001, respectively). Aspergillus was predominantly identified in 89.2% of fungal balls. One bacterial taxon, Hæmophilus, was significantly over-represented in patients with fungal balls compared to controls (p<0.001). Fungal balls pathogenesis remains unclear and could result from microbial interactions between fungi and bacteria in mixed biofilm-like structure.
L'examen direct (ED) des balles fongiques sinusiennes montre systématiquement des filaments mais la culture reste négative dans 70% des cas pouvant être la conséquence d'interactions microbiennes inhibant la croissance du champignon. L'objectif est d'évaluer, par métagénomique ciblée, la diversité du microbiome fongique et bactérien dans des biopsies sinusiennes de balles fongiques et de rechercher d’éventuelles associations microbiennes. L’ADN total a été extrait à partir de 44 biopsies sinusiennes, de 44 patients opérés pour sinusites chroniques entre 2015 et 2017. Les loci fongique ITS2 et de l'ARN 16S bactérien ont été amplifiés et séquencés (MiSeqTM Illumina). Une analyse de la diversité microbienne a été réalisée via le pipeline QIIME à partir des bases de données UNITE et SILVA pour ITS et 16S, respectivement. Ces données ont été comparées aux données microbiologiques et cliniques. Parmi ces 44 patients, 37 avait une balle fongique sinusienne (cas) et 7 avaient une sinusite chroniques sans étiologie fongique (témoins). L'ED et la culture étaient positifs dans 97,2% et 32,4% respectivement chez les cas. L'analyse métagénomique a mis en évidence 56 taxa fongiques et 122 taxa bactériens. Une analyse en coordonnées principales (distance de Bray-Curtis; permanova test) montre que les profils de diversité microbienne étaient différents entre cas et témoins (p<0,001 et p=0,005 respectivement). Aspergillus était le genre majoritaire (89,2%). Le taxon bactérien Hæmophilus était sur-représenté chez les cas (p<0,001). La physiopathologie des balles fongiques est encore mal comprise et pourrait résulter de l'interaction entre bactéries et champignons au sein d'un biofilm.
Fichier principal
Vignette du fichier
ThExe_DELLIERE_Sarah_DUMAS.pdf (10.89 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

dumas-03143885 , version 1 (17-02-2021)

Licence

Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Pas de modification

Identifiants

  • HAL Id : dumas-03143885 , version 1

Citer

Sarah Dellière. Analyse du microbiome fongique et bactérien dans les sinusites fongiques chroniques. Médecine humaine et pathologie. 2019. ⟨dumas-03143885⟩
37 Consultations
276 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More