L’arrivée exponentielle de mineurs non accompagnés en France depuis 2015 a rapidement saturé les structures d’hébergement de l’aide sociale à l’enfance. La prise en charge de ce public, caractérisé par trois spécificités : minorité, isolement et extranéité, relève de la compétence des départements, en bras de fer avec l’Etat concernant le financement de cet accueil. Cette étude s’intéresse à la déclinaison par la Métropole de Lyon des directives nationales concernant les mineurs non accompagnés, plus particulièrement en temps de crise sanitaire, et aux collaborations entre le secteur associatif et les pouvoirs publics. La politique métropolitaine de protection de l’enfance est menée par le biais d’appels à projet remportés majoritairement par des structures associatives. En outre, le tissu associatif lyonnais semble s’être scindé en deux groupes, celui des associations « militantes » et celui des associations « gestionnaires ». La différence de vision sur le rôle à endosser est source de tensions entre d’une part les associations militantes et d’autre part les associations gestionnaires ainsi que la Métropole. Finalement, les circonstances exceptionnelles de la crise sanitaire liée au Covid-19 ont agi comme puissant révélateur des paradoxes persistants concernant la prise en charge de ces mineurs entre politique de l’enfance et politique migratoire.