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Master Thesis

Mise au point d'une technique combinée de génotypage et de recherche de résistances aux antiviraux pour le cytomégalovirus humain

Résumé : Le cytomégalovirus (CMV) est un virus ubiquitaire, dont l’infection est la plupart du temps asymptomatique chez les individus immunocompétents, mais pouvant être responsable d’infections sévères chez les patients immunodéprimés. Des molécules antivirales existent et ont montré leur efficacité contre le CMV, mais leur utilisation prolongée peut être responsable d’apparition de mutations conférant des résistances aux traitements, notamment au niveau de l’UL97 qui code pour la thymidine kinase virale et l’UL54 qui code pour l’ADN polymérase. L’approche génotypique est la méthode de référence actuellement utilisée pour documenter les résistances et aider à la prise en charge thérapeutique. Le but de ce travail a été de mettre au point une technique combinée de génotypage et de recherche des résistances afin d’analyser les différents génotypes et d’établir un lien avec la présence de certaines résistances. L'intérêt du génotypage des virus est multiple puisqu’il permet de faire des études épidémiologiques, de rechercher des résistances aux antiviraux et potentiellement d’expliquer les transmissibilités et la pathogénicité spécifique d’un génotype. Nous avons développé un système de PCR (Polymerase Chain Reaction) multiplex basé sur l’amplification des gènes UL97, UL54 et des zones hypervariables du génome du CMV présélectionnées. Pour cela, nous avons dû d’abord réaliser un travail bio-informatique pour sélectionner les régions d’intérêt et dessiner les amorces dans chacune des régions. Un fois les échantillons amplifiés, nous les avons séquencés par NGS (Next Generation Sequencing). Les séquences consensus obtenues ont été analysées, comparées entre elles et avec des séquences de référence. Néanmoins, cette technique nécessite d’être améliorée, notamment en optimisant l’étape d’amplification et en établissant une banque de séquences. Ce travail a ainsi permis de développer une technique de génotypage, qui permettra la recherche rapide des mutations de résistance. Le but final est de mettre en place cette technique au laboratoire pour apporter des informations épidémiologiques et améliorer la prise en charge des patients suivis pour des infections à CMV.
Document type :
Master Thesis
Complete list of metadata

https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-03522691
Contributor : Pharmacie Amu Connect in order to contact the contributor
Submitted on : Wednesday, January 12, 2022 - 11:31:09 AM
Last modification on : Friday, January 14, 2022 - 3:29:56 AM

File

Thèse Fleur DUPUY 10-09-2021....
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Identifiers

  • HAL Id : dumas-03522691, version 1

Citation

Fleur Dupuy. Mise au point d'une technique combinée de génotypage et de recherche de résistances aux antiviraux pour le cytomégalovirus humain. Sciences pharmaceutiques. 2021. ⟨dumas-03522691⟩

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