Les mucormycoses et les aspergilloses invasives sont des infections graves avec une symptomatologie souvent peu spécifique, qui nécessitent une prise en charge précoce et adaptée. L’amélioration des méthodes diagnostiques est un enjeu majeur pour optimiser la thérapeutique et ainsi diminuer la mortalité de ces pathologies. Ce travail de thèse se compose en deux parties : tout d’abord une revue de la littérature décrivant les agents responsables de ces infections, leur physiopathologie et les outils diagnostiques microbiologiques actuels, notamment la biologie moléculaire récemment incluse dans les recommandations de l’EORTC/MSGERC en 2019 pour Aspergillus, puis une évaluation des performances analytiques et de l’intérêt diagnostique du kit de PCR Aspergillus spp.-Mucorales MycoGENIE®, récemment commercialisé. En comparant les résultats obtenus avec ce kit sur 101 échantillons, sélectionnés en rétrospectif et en prospectif, aux autres méthodes diagnostiques (culture mycologique, PCR de référence, antigènes galactomannanes pour Aspergillus), nous obtenons des résultats satisfaisants qui ont permis la mise en place de cette technique au laboratoire de Mycologie du CHU de Bordeaux. Cette étude souligne l’intérêt de combiner plusieurs prélèvements et méthodes diagnostiques ainsi que de confronter les résultats au contexte clinique pour avoir une interprétation la plus juste possible. La biologie moléculaire a donc tout sa place pour compléter les atouts et limites des autres techniques dans le diagnostic des aspergilloses invasives et des mucormycoses.