Influence of nucleotide sequence on the error rate of polymerases of influenza A viruses
Influence de la séquence nucléotidique sur le taux d'erreur des polymérases des virus influenza A
Résumé
Highly pathogenic avian influenza viruses represent a major economic and health issue. We are currently unable to predict the emergence of these viruses. The aim of RISKEVOL project is to understand how the nucleotide sequence of the hemagglutinin could influence the acquisition of a polybasic cleavage site. This work permitted the development of a new method of analysis of hemagglutinin mutation that allows to eliminate the selection pressure : the mini-genome 977 system. It consists in rebuilding the 977 H7N1 virus polymerase complex to replicate ARN sequences of interest. It was used with HA sequences of H5N3 ShimH5 and ShimH524a2b viruses. The ARN produced were sequenced with a high throughput sequencing method. The results were compared with the ones obtained with other methods developed by UMR 1225 IHAP and they converge towards the same conclusion : the nucleotide sequence has a decisive influence over the error rate of avian influenza viruses polymerases.
Les virus influenza aviaires hautement pathogènes représentent un enjeu économique et sanitaire majeur. Il n’est actuellement pas possible de prédire l’émergence de ces virus. L’objectif du projet RISKEVOL est de comprendre comment la séquence de l’hémagglutinine pourrait influencer l’acquisition d’un site de clivage polybasique. Ce travail a permis l’élaboration d’une nouvelle méthode d’analyse des mutations de l’hémagglutinine qui permet de s’affranchir de la pression de sélection, le système mini-génome 977. Il consiste à reconstituer le complexe polymérase du virus H7N1 977 pour répliquer des séquences ARN d’intérêt. Il a été utilisé avec les séquences HA des virus H5N3 ShimH5 et ShimH524a2b. Les ARN produits ont été séquencés par une méthode de séquençage haut débit et les résultats convergent avec ceux obtenus par d’autres méthodes produites par l’UMR 1225 IHAP : la séquence nucléotidique exerce une influence sur le taux d’erreur des polymérases des virus influenza aviaires.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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