Study of the infection of medium-sized and large french mammals by Anaplasma phagocytophilum
Étude de l'infection de mammifères français de grand et moyen gabarit par Anaplasma phagocytophilum
Résumé
This thesis looks at the epidemiological cycles of Anaplasma phagocytophilum and the roles played by large and medium-sized French mammals. It begins with a review of what is known about this bacterium, its vectors, its known vertebrate hosts in wildlife, particularly in Europe, and current detection methods. The question of animal reservoirs of zoonotic and/or pathogenic strains for different species of domestic animals, particularly domestic ruminants, is raised. The results of an experimental study carried out by UMR BIPAR's VAMP group on 272 samples from different species (fox, roe deer, wild boar, rabbit, hare, weasel and mole) to detect the presence of infection by A. phagocytophilum are presented. All samples with a Ct value interpreted as inconclusive were subjected to a nested PCR targeting the gene coding for 16S rRNA. Two samples gave a positive qCR result and a further 23 samples showed the presence of A. phagocytophilum DNA following nested PCR. The results of our study show the presence of infection in all the species tested with the exception of moles (but only one animal was tested), which is consistent with a wide range of animal hosts. However, the recruitment biases of our samples do not allow us to determine the percentage of infection by A. phagocytophilum in these medium and large mammal species beyond the samples themselves, nor to speculate on their role in the cycle. Further studies will be required to refine our understanding of the epidemiological cycles of A. phagocytophilum and the role played by these different species in its cycles. The samples tested positive in our study have yet to be typed and sequenced if the quality and quantity of bacterial DNA make this feasible. On the basis of sequences already published and those currently being studied, this will enable us to better define the involvement or not of wild boar, foxes, roe deer, etc. in the cycles of zoonotic or non-zoonotic variants of this bacterium, as well as in cycles where domestic ruminants are the target species.
Cette thèse présente une réflexion sur les cycles épidémiologiques d'Anaplasma phagocytophilum et les rôles joués par mammifères français de grand et moyen gabarit. Elle propose d'abord un état des lieux des connaissances sur cette bactérie, ses vecteurs, ses hôtes vertébrés connus au sein de la faune sauvage, plus particulièrement en Europe, et les méthodes de détection actuelles. La question des animaux réservoirs de souches zoonotiques et/ou pathogènes pour différentes espèces d'animaux domestiques, notamment les ruminants domestiques, se pose avec acuité. Les résultats d'une étude expérimentale menée au sein du groupe VAMP à l'UMR BIPAR sur 272 échantillons issus de différentes espèces (renard, chevreuil, sanglier, lapin, lièvre, fouine et taupe), pour détecter leur infection par A. phagocytophilum, sont présentés. Tous les échantillons présentant une valeur de Ct interprétée comme douteuse lors d'une PCR en temps réel ciblant le gène msp2 ont été testés par PCR nichée ciblant le gène codant pour l'ARNr 16S. Deux échantillons ont donné un résultat positif en qCR et 23 autres en PCR nichée. Les résultats provisoires de notre étude montrent la présence de l'infection chez l'ensemble des espèces testées à l'exception des taupes (mais un seul animal avait été testé), ce qui va dans le sens d'une large gamme d'hôtes animaux. Cependant, les biais de recrutement ne nous permettent pas de déterminer le pourcentage d'infection chez ces espèces de moyens et grands mammifères au-delà des échantillons eux-mêmes ni de spéculer sur leur rôle dans le cycle. Des études supplémentaires seront nécessaires pour affiner la compréhension des cycles épidémiologiques d'A. phagocytophilum et du rôle joué par ces différentes espèces dans les cycles Le typage des échantillons testés positifs reste à réaliser, ainsi que leur séquençage si la qualité et la quantité d'ADN bactérien le rendent possible. Ils pourront permettre, sur la base des séquences déjà disponibles, de mieux cerner l'implication ou non des sangliers, renards, chevreuils etc. dans les cycles de variants zoonotiques et dans ceux dont les ruminants domestiques constituent les espèces cibles.
