Parmi les modèles étudiés pour la morphogenèse, il ressort une prise en compte importante des processus d'expression génétique et la convergence de systèmes vers des formes. Cette approche a tendance à occulter un facteur déterminant dans l'apparition de formes à savoir l'influence de l'environnement. Cette influence épigénétique amène parfois des perturbations comme c'est le cas du cancer. Dans notre stage, pour mieux comprendre ces phénomènes, nous avons travaillé au développement de modèles mathématiques prenant en compte la co-évolution de la dynamique cellulaire avec l'environnement en se basant sur une nouvelle approche : l'analyse mutationnelle. En outre, pour étudier l'influence de l'environnement dans la différenciation cellulaire, nous avons développé des algorithmes permettant d'explorer une base de génomes (au sens informatique du terme) pour vérifier sous quelles conditions certains gènes sont activés pour arriver à une forme déterminée. Les algorithmes développés pourraient être appliqués à des cas d'études variés et implémentés en parallèles sur processeurs multicoeurs pour pallier à la complexité du problème. La formalisation mathématique permet d'envisager l'utilisation des algorithmes viabilistes qui devront être généralisés puis implémentés dans le cadre des équations mutationnelles. Par rapport à certains résultats obtenus lors de ce stage, un article a été soumis à IEEE (saso, Lyon 2012) : Mutational analysis inspired algorithms for cells self-organization towards a dynamic under viability constraints.