La mucoviscidose est une pathologie complexe, notamment sur le plan des infections respiratoires qui occupent une place importante dans la gravité de la maladie. Bien que Staphylococcus aureus soit une des plus fréquentes bactéries retrouvée chez ces patients, son rôle dans le déclin de la fonction respiratoire reste controversé, et les caractéristiques de la colonisation par cette bactérie encore peu connues. Ce travail a consisté à décrire la dynamique de colonisation par Staphylococcus aureus des patients atteints de mucoviscidose suivis au CHU de Rouen, plus particulièrement au moment de la transition SAMS/SAMR, ainsi que d'étudier les circonstances de survenue des SAMR chez ces patients. Cette description comprend l'étude des caractéristiques phénotypiques et génotypiques par spa-typing des Staphylococcus aureus, ainsi que l'analyse des antibiothérapies administrées avant et après l'émergence du SAMR. Une persistance d'une même souche de SAMS a été majoritairement retrouvée, avec la présence fréquente de co-colonisation SAMS/SAMR, ainsi que d'une diversité phénotypique de variants d'une même souche. L'émergence de SAMR chez ces patients est principalement due à l'acquisition d'une nouvelle souche, qui a tendance à persister, et est précédée d'une antibiothérapie potentiellement sélectionnante dans seulement deux tiers des cas. Enfin, le SAMR est presque toujours pris en compte dans le traitement antibiotique mais n'est que partiellement éradiqué.