Pour étudier la relation entre phénotype et génotype chez la levure, l'existence de QTL peut déterminer la relation. Le laboratoire collecte des données de génotype (les marqueurs, les chromosomes, etc.) et phénotype (déterminant la vitesse de croissance). En fonction des différents marqueurs, on divise ensuite le phénotype en groupes et l'on observe les différences entre ces groupes. Équivalent au test ANOVA, il s'appelle LOD Score ; ce sera un indicateur de QTL. Un test de permutation et une méthode bayésienne nous aident enfin à déterminer l'intervalle de confiance de QTL. On peut supposer que l'intervalle a l'impact au phénotype.