Recherche et validation de résistances génétiques au dépérissement bactérien causé par Pseudomonas syringae chez l'abricotier (Prunus armeniaca Linné) - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Access content directly
Master Thesis Year : 2013

Recherche et validation de résistances génétiques au dépérissement bactérien causé par Pseudomonas syringae chez l'abricotier (Prunus armeniaca Linné)

Morgane Roth
  • Function : Author

Abstract

Bacterial canker of Prunus caused by Pseudomonas syringae is of major concern in apricot culture in France. The lack of chemical solution for this disease and the difficulty to predict damages lead us to consider the genetic improvement as a priority. However, little work has been done describing genetic resistance to P. syringae in stone fruits. Here, we studied resistance on leaves and branches of apricot tree (Prunus armeniaca L.) after inoculation of P. syringae pv. syringae on wounds (41A strain). Two biparental populations (pseudo-F1), 'Bergeron'×'Bakour' (224 individuals) and 'Goldrich'×'Moniqui' (196 individuals) and a collection of genetic resources have been selected for this work. This material was genotyped, by Single Sequence Repeat markers for biparental populations, and by Single Nucleotide Polymorphism for 76 accessions of the collection. Phenotypic data displayed a quantitative resistance, suggesting a polygenic model for this trait. A set of 40 SNPs showed association with resistance on branches and/or on leaves has been reported. Within the population 'Goldrich'×'Moniqui', linkage analysis showed a region of 4,8 to 8,8 cM (depending on the variable), at the end of the chromosome 4, accounting for 10,1 to 11,4% of the phenotypic variance on leaves. Associations to resistance on branches colocalised in this region. Two other regions on chromosomes 3 and 5 are also linked to resistance in both organs. Thank to the low extent of linkage disequilibrium and considering the available genetic and phenotypic diversity in apricot tree, we recommend to carry on with Genome Wide Association Studies (GWAS) for the genetic improvement in this species.
Le dépérissement bactérien des Prunus est causé par Pseudomonas syringae, première source de dégâts par les bioagresseurs dans la culture de l'abricotier en France. L'absence de moyens de lutte chimique curative et le caractère imprévisible de cette maladie font de l'amélioration génétique une priorité pour la durabilité de la filière. Toutefois, à ce jour, aucun travail ne reporte des facteurs génétiques impliqués dans la résistance à P. syringae. Nous avons étudié la résistance sur rameaux et sur feuilles de l'abricotier (Prunus armeniaca L.) suite à des inoculations sur lésions de P. syringae pv. syringae (souche 41A). Deux populations biparentales (pseudo-F1), 'Bergeron'×'Bakour' (224 individus) et 'Goldrich'×'Moniqui' (196 individus) ainsi qu'une collection de ressources génétiques ont été choisies. Les populations hybrides ont été génotypées avec des marqueurs Single Sequence Repeat (SSR) et les 76 individus de la collection à l'aide de marqueurs Single Nucleotide Polymorphism (SNP). Les données de phénotypage ont démontré que la résistance est quantitative, sous-tendant une architecture polygénique. Un ensemble de 40 SNP en association avec la résistance sur rameaux et/ou sur feuilles a été détecté. Les analyses de liaison ont révélé sur la population 'Goldrich'×'Moniqui' une zone d'intérêt de 4,8 à 8,8 cM selon la variable, en position terminale du chromosome 4 expliquant 10,1 à 11,4% de la variabilité observée. Des associations pour le caractère de résistance sur rameaux ont également colocalisé dans cette zone. Deux autres régions situées sur les chromosomes 3 et 5 ont présenté des facteurs communs de résistance sur les deux organes. De plus, la faible étendue du déséquilibre de liaison et la diversité présente chez l'abricotier nous encouragent à poursuivre les travaux de Genome Wide Association Study (GWAS) chez cette espèce.
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Dates and versions

dumas-00906721 , version 1 (20-11-2013)

Identifiers

  • HAL Id : dumas-00906721 , version 1

Cite

Morgane Roth. Recherche et validation de résistances génétiques au dépérissement bactérien causé par Pseudomonas syringae chez l'abricotier (Prunus armeniaca Linné). Sciences agricoles. 2013. ⟨dumas-00906721⟩
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