Création et caractérisation de marqueurs SSR pour la fétuque rouge traçante - <i>Festuca rubra subsp. Rubra</i> - et étude de diversité génétique - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2015

SSR marker design and characterization for strong creeping red fescue - Festuca rubra subsp. rubra - and genetic diversity study

Création et caractérisation de marqueurs SSR pour la fétuque rouge traçante - Festuca rubra subsp. Rubra - et étude de diversité génétique

Mélodie Vivès
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Résumé

Turfgrass is a very important industry in the US. Awareness of the negative impacts of chemicals used for lawn maintenance as well as new customers and growers expectations, led to a new market: low-maintenance and low-input lawns. Because of its adaptation to poor, saline and dry environments, strong creeping red fescue, Festuca rubra subsp. rubra, perfectly matches low-maintenance requirements. This study aims at applying molecular techniques to this sub-species. 22 polymorphic SSR markers were tested on 95 strong creeping red fescue genotypes and then used on 37 fine fescue cultivars. AMOVA was realized on the binary matrix gathering the 610 obtained alleles. Neighbor Joining algorithm enabled us to build a phylogenetic tree via NTSYS software. Finally, bayesian algorithm was used to determine the structure and the most parsimonious number of populations via STRUCTURE software. Results revealed genetically identical cultivars and within-population variance of 76%, showing low germplasm diversity. Results obtained in this study can be used to differentiate fine fescues and help seed mixture designers choose the most efficient combination of varieties. Future research involves the use of fingerprinting for plant variety identification and protection.
La prise de conscience des impacts environnementaux négatifs des produits chimiques utilisés pour l’entretien des gazons ainsi que les nouvelles attentes des consommateurs et des producteurs mènent à l’apparition d’un nouveau marché : les gazons à faible entretien. Du fait de son adaptation aux milieux pauvres, salins et secs, la fétuque rouge traçante, Festuca rubra subsp. Rubra, correspond parfaitement aux critères des gazons à faible entretien. Cette étude a pour objectifs d’appliquer les techniques moléculaires à cette sous-espèce. 22 marqueurs SSR polymorphes ont été testés sur 95 génotypes de fétuque rouge traçante puis utilisés sur 37 cultivars de fétuques fines. Une AMOVA a été réalisée sur la matrice binaire regroupant les 610 allèles obtenus. L’algorithme du Neighbor Joining a permis d’obtenir un arbre phylogénétique par le logiciel NTSYS. Enfin, l’algorithme bayesien a été utilisé pour déterminer la structure et le nombre optimal de populations par le logiciel STRUCTURE. Les résultats ont mis en évidence des couples de cultivars identiques et une variance intra-population de 76%, montrant un manque de diversité du germplasme. Les résultats de cette étude peuvent être utilisés pour différencier les fétuques fines et aider au choix des variétés. Ils peuvent être utilisés pour la mise en place d’empreintes génétiques pour l’identification voire la protection de variétés.
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Dates et versions

dumas-01217363 , version 1 (19-10-2015)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01217363 , version 1

Citer

Mélodie Vivès. Création et caractérisation de marqueurs SSR pour la fétuque rouge traçante - Festuca rubra subsp. Rubra - et étude de diversité génétique. Sciences agricoles. 2015. ⟨dumas-01217363⟩
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