Détection de mutations associées à la résistance aux antifongiques chez <i>Candida</i> spp. par pyroséquençage haut débit - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2013

High troughput pyrosequencing to detect mutations involved in antifungal resistance in Candida spp

Détection de mutations associées à la résistance aux antifongiques chez Candida spp. par pyroséquençage haut débit

Résumé

Azole and echinocandin antifungals are increasingly used for the prevention and the treatment of invasive candidiasis, leading to the development of resistant strains possibly associated with clinical failure. This study aimed at detecting mutations involved in antifungal resistance in Candida spp. using a next-generation sequencing (NGS) technology: high-troughput pyrosequencing. Several genes from a single isolate, several isolates and several Candida species were simultaneously and reliably sequenced using the GS Junior® platform (Roche Diagnostics). The experimental strategy allowed the detection of mutations associated with echinocandin resistance. Several unreported mutations were detected by the analysis of genes involved in azole resistance. Sequential isolates obtained from patients colonized or infected by C. albicans, C. glabrata or C. parapsilosis before and after antifungal treatment were sequenced. Neither appearance nor disappearance of any mutation involved in antifungal resistance could have been detected. Sequencing of supplemental genes and isolates will provide the detection of new mutations and a better comprehension of resistance mechanisms in Candida spp. This technology could also be applied to the analysis of antifungal resistance in other fungal pathogens including Aspergillus spp. Finally, the use of NGS technologies in clinical practice could allow the early detection of isolates prone to the development of phenotypic resistance or clinical failure.
L’utilisation croissante des antifongiques azolés et des échinocandines dans la prévention et le traitement des candidoses invasives a conduit à l’émergence d’isolats résistants parfois associés à des échecs cliniques. Le but de cette étude était l’application d’une technologie de séquençage nouvelle génération (NGS), le pyroséquençage haut débit, à la détection des mutations impliquées dans la résistance aux antifongiques chez Candida spp. Plusieurs gènes impliqués dans la résistance aux antifongiques ont été séquencés simultanément pour un même isolat, plusieurs isolats et plusieurs espèces de Candida spp., avec une grande fiabilité, grâce à la plateforme GS Junior® (Roche Diagnostics). La stratégie expérimentale utilisée est adaptée à la détection de mutations associées à la résistance aux échinocandines. Plusieurs mutations inédites ont été identifiées lors de l’analyse des gènes impliqués dans la résistance aux azolés. Le séquençage d’isolats séquentiels prélevés avant et après traitement antifongique chez des patients colonisés ou infectés par C. albicans, C. glabrata ou C. parapsilosis n’a cependant pas permis de mettre en évidence d’apparition ou de disparition de mutations au cours du temps. Le séquençage d’autres gènes et isolats permettra de détecter de nouvelles mutations et de mieux comprendre le développement de la résistance chez Candida spp. Cette technologie pourrait aussi être appliquée à l’étude de la résistance aux antifongiques chez d’autres pathogènes comme Aspergillus spp. Enfin, l’utilisation du NGS en pratique clinique permettrait de détecter précocement des isolats à risque d’évolution vers la résistance phénotypique ou l’échec clinique.
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Dates et versions

dumas-01254639 , version 1 (12-01-2016)

Identifiants

Citer

Cécile Garnaud. Détection de mutations associées à la résistance aux antifongiques chez Candida spp. par pyroséquençage haut débit. Sciences pharmaceutiques. 2013. ⟨dumas-01254639⟩
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