Analyse du génome de Campylobacter : une alternative aux antibiogrammes classiques ? - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2016

Whole-genome sequence analysis of Campylobacter : an alternative to conventional antimicrobial susceptibility testing ?

Analyse du génome de Campylobacter : une alternative aux antibiogrammes classiques ?

Résumé

Campylobacter are bacteria involved in human pathology, usually in enteritis infection, and are caused, in most cases, by farm animals (poultry, pigs) consumed in foodstuffs. Antibiotic treatment of these enteric infections, although not systematic, is often conducted using macrolides and fluoroquinolones but severe systemic infections may require the use of aminoglycosides such as gentamicin. Recent studies report an increased incidence of Campylobacter strains resistant to gentamicin. Furthermore, such strains frequently have multiple resistances which limit therapeutic alternatives. Whole-genome analysis of twelve multiresistant Campylobacter leads up to identify novel genes encoding aminoglycoside modifying enzymes and a probable new gene associated with lincomycin resistance. Moreover, some resistance genes previously described in other bacteria have been identified for the first time in Campylobacter. A perfect correlation between genotype and phenotype was found for tetracyclines, quinolones, ampicillin, erythromycin and aminoglycosides suggesting that the analysis of Campylobacter genomes is a powerful tool for monitoring antibiotic resistance and could be, in the future, a substitute for classic antibiotic susceptibility testing. Finally, conjugations experiments have shown that these resistance genes, when carried by a plasmid, can transfer to another strain of Campylobacter by horizontal transmission, thus contributing to its dissemination and the emergence of multiresistant strains.
Les bactéries du genre Campylobacter sont des bactéries impliquées en pathologie humaine, le plus souvent dans des infections intestinales de type entérite et ont pour origine, dans la majorité des cas, les animaux d’élevage (volailles, porcins) consommés dans l'alimentation. Le traitement antibiotique de ces infections entériques, bien que non systématique, est souvent conduit à l’aide de macrolides ou fluoroquinolones mais les infections systémiques peuvent nécessiter l’utilisation d’aminoglycosides comme la gentamicine. Des études récentes rapportent une augmentation de l’incidence de souches de Campylobacter présentant une résistance à la gentamicine. Par ailleurs, de telles souches présentent fréquemment de multiples résistances associées ce qui limite les alternatives thérapeutiques. L'analyse de douze génomes entiers de Campylobacter multirésistants a permis d'identifier de nouveaux gènes codant pour des enzymes modificatrices d’aminoglycosides ainsi qu’un probable nouveau gène de résistance à la lincomycine. Par ailleurs, des gènes de résistance connus dans d'autres genres bactériens ont été mis en évidence pour la première fois chez Campylobacter. La corrélation entre génotype et phénotype est de 100% pour les tétracyclines, les quinolones, l'ampicilline, l'érythromycine et les aminoglycosides suggérant que l'analyse du génome de Campylobacter est un outil très performant pour la surveillance des résistances aux antibiotiques et pourrait constituer à l'avenir un substitut de l'antibiogramme. D’autre part, les essais de conjugaisons réalisés ont permis de montrer que ces gènes de résistance, quand ils sont portés par un plasmide, peuvent diffuser d’une souche de Campylobacter à une autre par transmission horizontal! e et ainsi contribuer à leur dissémination et à l’émergence de souches multirésistantes.
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Dates et versions

dumas-01346785 , version 1 (19-07-2016)

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  • HAL Id : dumas-01346785 , version 1

Citer

Adrien Fabre. Analyse du génome de Campylobacter : une alternative aux antibiogrammes classiques ?. Sciences pharmaceutiques. 2016. ⟨dumas-01346785⟩
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