Utilisation d’une approche de génotypage RADSeq pour le clonage positionnel de deux gènes à effet majeur chez la caille, responsables des phénotypes « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon »

Résumé : L’étude menée ici vise à localiser deux gènes majeurs chez la caille japonaise Coturnix japonica, responsables des caractères « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon ». Pour cela, 158 femelles F2 présentant les phénotypes mutants et sauvages pour les deux caractères ont été obtenues par croisement de lignées homozygotes pour l’une ou l’autre des mutations. Les nouveaux outils de génotypage à haut débit, comme les puces SNP, ont largement permis d’améliorer les capacités d’analyse des génomes d’espèces modèles, mais restent encore indisponibles pour des espèces agronomiques de plus faible intérêt comme la caille. Une technique récente de génotypage par séquençage, le ddRADSeq, a donc été utilisée, et une détection de SNP a ensuite été réalisée à l’aide du logiciel Stacks, d’abord de novo, puis avec le génome de référence de la caille, publié au moment du stage. Plus de 230 000 SNP ont été repérés, et environ 36 000 ont été utilisés lors d’analyses d’association, qui ont permis de localiser la région de la mutation « céladon » au niveau du chromosome 16, ainsi qu’une région potentielle pour le caractère « diabète insipide ». Enfin, des analyses de liaison ont également permis d’insérer deux scaffolds non assignés dans l’assemblage du chromosome 16.
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Soumis le : mercredi 7 septembre 2016 - 09:01:52
Dernière modification le : mercredi 21 mars 2018 - 16:08:05
Document(s) archivé(s) le : jeudi 8 décembre 2016 - 13:08:07

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Anna Marissal. Utilisation d’une approche de génotypage RADSeq pour le clonage positionnel de deux gènes à effet majeur chez la caille, responsables des phénotypes « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon ». Sciences du Vivant [q-bio]. 2016. 〈dumas-01361279〉

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