Utilisation d’une approche de génotypage RADSeq pour le clonage positionnel de deux gènes à effet majeur chez la caille, responsables des phénotypes « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon » - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2016

Use of a RADSeq genotyping approach for positional cloning of two major effect genes in quail, responsible for "diabetes insipidus" and "shell color celadon" phenotypes

Utilisation d’une approche de génotypage RADSeq pour le clonage positionnel de deux gènes à effet majeur chez la caille, responsables des phénotypes « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon »

Anna Marissal
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Résumé

The goal of the present study is to locate two major genes in Japanese quail Coturnix japonica, responsible for the traits "diabetes insipidus" and "celadon color shell". For this purpose, 158 F2 females holding the wild and mutant phenotypes for the two traits have been created by crossing two homozygous lines for one or the other mutation. The new tools for high-throughput genotyping, such as SNP microarrays, have broadly improved the capacities to analyze the genome of model species, but are not yet available for agronomic species of lower interest such as quail. Thus, a genotyping by sequencing technique, the ddRADSeq, has been used, and a detection of SNP has been then realized with the software Stacks, first de novo, then with the reference genome of the quail, which has been published during the internship. More than 230,000 SNP have been spotted, and about 36,000 of them have been used in genome-wide association studies. This allowed us to locate the region of the "celadon" mutation on chromosome 16, as well as a potential region for the trait "diabetes insipidus". Linkage analyses also allowed us to insert two unplaced scaffolds in the assembly of the chromosome 16.
L’étude menée ici vise à localiser deux gènes majeurs chez la caille japonaise Coturnix japonica, responsables des caractères « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon ». Pour cela, 158 femelles F2 présentant les phénotypes mutants et sauvages pour les deux caractères ont été obtenues par croisement de lignées homozygotes pour l’une ou l’autre des mutations. Les nouveaux outils de génotypage à haut débit, comme les puces SNP, ont largement permis d’améliorer les capacités d’analyse des génomes d’espèces modèles, mais restent encore indisponibles pour des espèces agronomiques de plus faible intérêt comme la caille. Une technique récente de génotypage par séquençage, le ddRADSeq, a donc été utilisée, et une détection de SNP a ensuite été réalisée à l’aide du logiciel Stacks, d’abord de novo, puis avec le génome de référence de la caille, publié au moment du stage. Plus de 230 000 SNP ont été repérés, et environ 36 000 ont été utilisés lors d’analyses d’association, qui ont permis de localiser la région de la mutation « céladon » au niveau du chromosome 16, ainsi qu’une région potentielle pour le caractère « diabète insipide ». Enfin, des analyses de liaison ont également permis d’insérer deux scaffolds non assignés dans l’assemblage du chromosome 16.
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Dates et versions

dumas-01361279 , version 1 (07-09-2016)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01361279 , version 1

Citer

Anna Marissal. Utilisation d’une approche de génotypage RADSeq pour le clonage positionnel de deux gènes à effet majeur chez la caille, responsables des phénotypes « diabète insipide » et « couleur de la coquille céladon ». Sciences du Vivant [q-bio]. 2016. ⟨dumas-01361279⟩
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