Interactions médicamenteuses : données liées et applications - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2016

Interactions médicamenteuses : données liées et applications

Sébastien Cossin

Résumé

Introduction. One significant cause of adverse drug reactions is drug-drug interaction (DDI). In France, the thesaurus of DDI edited by ANSM (french national drug safety insti- tute) is the main referential. However, its PDF format impedes its utilisation. The objective of this work was to propose an open format of the thesaurus and illustrate its usefulness for research through two examples : to examine the overlap between the thesaurus and other sources and to estimate the prevalence of potential DDIs based on drug deliveries. Methods. We developped a program that transforms the PDF format to RDF triples, a web semantic standard for data exchange. We linked its content to three sources : the Unified Medical Language System (UMLS), DrugBank (DB) and ’le répertoire des médicaments’, a french drug database edited by ANSM. The link to DB enables its integration into an international DDI-database (merged-PDDI) and the measure of overlap with other sources. A program was created to estimate the prevalence of potential DDIs based on the thesaurus open format and drug deliveries data. Results. In its version of january 2016, the french thesaurus contains 1102 drugs and 168 drug classes. It describes 1414 interactions between classes or molecules resulting in 52870 DDI. Among the latters, 5651 (13%) were found in the merged-PDDI dataset corresponding to little overlap with other sources. We identified 17112 contraindicated drug dispensations among 7 millions drug deliveries between june and august 2013. Conclusion. We propose a RDF format of the french thesaurus of DDI linked to UMLS, DB and the ’repertoire des médicaments’. This format can facilitate research on DDI and the development of new applications.
Introduction : Les interactions médicamenteuses sont l’une des principales causes d’effets indésirables médicamenteux évitables. En France, le thesaurus des interactions médicamenteuses, édité par l’agence national de sécurité du médicament (ANSM), est la principale référence. Son format PDF est cependant une limite majeure à son utilisation. L’objectif principal de ce travail était de proposer un format ouvert du thesaurus et d’illustrer son intérêt au travers de deux exemples concrets : comparer le thesaurus avec d’autres sources internationales sur les interactions et utiliser son contenu pour mesurer la fréquence des interactions sur des données de délivrance. Méthodes : Nous avons développé un programme pour transformer le format PDF du thesaurus en triplets RDF, un standard du web sémantique pour l’échange de données. Les molécules décrites dans le thesaurus ont été liées à trois autres sources de données : l’Unified Medical Language System (UMLS), DrugBank (DB) et le répertoire des médicaments de l’ANSM. Le lien vers DB a permis son intégration dans une base de données internationale (merged-PDDI) sur les interactions et sa comparaison avec d’autres sources en mesurant leur chevauchement. Un programme a été développé pour mesurer la fréquence des interactions sur des données de délivrance médicamenteuse. Résultats : Dans sa version de janvier 2016, le thesaurus contient 1102 molécules et 168 classes thérapeutiques. Il décrit 1414 interactions entre classes ou molécules représentant 52870 interactions entre molécules. Parmi ces dernières, 5651 interactions (13%) ont été retrouvées dans la base merged-PDDI ce qui correspond à un chevauchement faible avec les autres sources. Nous montrons la possibilité d’utiliser ce contenu ouvert pour mesurer la fréquence des interactions sur des données de délivrance. Nous dénombrons 17112 contre- indications parmi 7 millions de délivrances entre juin et août 2013. Conclusion : Nous proposons dans ce travail un format ouvert du thesaurus des interactions de l’ANSM qui utilise les standards du web sémantique. Ce format facilite son utilisation pour la recherche et permet le développement de nouvelles applications.
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Med_spe_2016_Cossin.pdf (2.65 Mo) Télécharger le fichier

Dates et versions

dumas-01442668 , version 1 (20-01-2017)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01442668 , version 1

Citer

Sébastien Cossin. Interactions médicamenteuses : données liées et applications. Médecine humaine et pathologie. 2016. ⟨dumas-01442668⟩
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