Mise en place d’une prestation en routine au sein d’un CRB : génotypage par l’étude de SNP d’une collection biologique issue de la recherche clinique - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2015

Mise en place d’une prestation en routine au sein d’un CRB : génotypage par l’étude de SNP d’une collection biologique issue de la recherche clinique

Résumé

Biobanks have been created and defined in order to recollect with high controlled procedures samples from clinical research protocol. These organizations are part of rigorous quality process required by NF S96-900 and ISO 9001 norms. They allow the research field and industrial to get access to high standard and tracked resources. In this context, in 2005 CRB HUEP-UPMC recollected human blood samples from a clinical protocol in order to demonstrate a link between specific gene polymorphism and the morbidity/mortality of patients included in this project. To answer to their objective, a genotyping method which is Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) technique has been selected and should be validated by the CRB. This new analysis process is considered as a routine performance which required specific conditions for the handling samples according to their origins; DNA extracted by the CRB HUEP-UPMC or by the user himself. The development of the technique allowed to genotype 1929 patients and to validate the SNP genotyping method. Several blood samples storage conditions, DNA extraction and storage conditions were tested and analyzed by DNA quality controls. The results demonstrated that genotyping is reliable if DNA is compliant (meaning DNA concentration >50 ng/μl, 1.7< DO 260/280 nm <2, DO 260/230 nm >1.8), regardless of blood conservation and DNA extraction methods. By contrast, DNA storage process is the most critical step which requires to be conditioned in cryovial and stored at -20°C in the long term. This information is crucial to provide quality service to external users even for which we have no view of the pre-analytical phase.
Les Centres de Ressources Biologiques (CRB) ou biobanques ont été créés et définis afin d’assurer l’accès de la recherche et de l’industrie à des ressources de qualité dans des conditions de traçabilité garanties. Ces structures s’inscrivent dans une démarche qualité rigoureuse exigée par les normes NF S96-900 et ISO 9001. Dans ce contexte, le CRB HUEP-UPMC a mis en collection des prélèvements sanguins issus d’un protocole de recherche clinique. L’un des objectifs de ce projet est la mise en évidence d’un lien entre le polymorphisme d’un gène spécifique et la morbi-mortalité des patients inclus dans ce protocole. La validation d’une méthode de génotypage est donc envisagée pour répondre aux objectifs du projet. C’est la technique des « Single Nucléotide Polymorphisms » (SNP) qui a été sélectionnée. Ce nouveau procédé d’analyse étant envisagé comme une prestation en routine, des conditions requises concernant les échantillons d’ADN à analyser doivent être définies, à la fois dans le cas d’ADN extraits en interne et d’ADN extraits et fournis par les utilisateurs. La mise au point de la technique a permis de génotyper 1929 patients validant ainsi la méthode utilisée. Diverses conditions de conservation des prélèvements sanguins et d’extraction et de conservation des ADN ont été testées puis analysées par des contrôles de la qualité des ADN. Ces résultats ont permis de mettre en évidence que l’assurance d’un génotypage fiable est obtenue si l’ADN est jugé conforme (concentration >50 ng/μL, 1,7< DO 260/280 nm <2, DO 260/230 nm >1,8) quelles que soient les méthodes de conservation du sang et d’extraction d’ADN. En revanche, la méthode de conservation de l’ADN est une étape plus critique qui nécessite un conditionnement en cryotube et une température de -20°C sur le long terme. Ces informations sont capitales pour proposer une prestation de qualité à des utilisateurs extérieurs pour lesquels nous n’avons aucun regard sur la phase pré-analytique.
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Dates et versions

dumas-01543318 , version 1 (20-06-2017)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01543318 , version 1

Citer

Catherine Delmau-Laffargue. Mise en place d’une prestation en routine au sein d’un CRB : génotypage par l’étude de SNP d’une collection biologique issue de la recherche clinique. Biologie cellulaire. 2015. ⟨dumas-01543318⟩
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