Mise en place d’une prestation en routine au sein d’un CRB : génotypage par l’étude de SNP d’une collection biologique issue de la recherche clinique

Résumé : Les Centres de Ressources Biologiques (CRB) ou biobanques ont été créés et définis afin d’assurer l’accès de la recherche et de l’industrie à des ressources de qualité dans des conditions de traçabilité garanties. Ces structures s’inscrivent dans une démarche qualité rigoureuse exigée par les normes NF S96-900 et ISO 9001. Dans ce contexte, le CRB HUEP-UPMC a mis en collection des prélèvements sanguins issus d’un protocole de recherche clinique. L’un des objectifs de ce projet est la mise en évidence d’un lien entre le polymorphisme d’un gène spécifique et la morbi-mortalité des patients inclus dans ce protocole. La validation d’une méthode de génotypage est donc envisagée pour répondre aux objectifs du projet. C’est la technique des « Single Nucléotide Polymorphisms » (SNP) qui a été sélectionnée. Ce nouveau procédé d’analyse étant envisagé comme une prestation en routine, des conditions requises concernant les échantillons d’ADN à analyser doivent être définies, à la fois dans le cas d’ADN extraits en interne et d’ADN extraits et fournis par les utilisateurs. La mise au point de la technique a permis de génotyper 1929 patients validant ainsi la méthode utilisée. Diverses conditions de conservation des prélèvements sanguins et d’extraction et de conservation des ADN ont été testées puis analysées par des contrôles de la qualité des ADN. Ces résultats ont permis de mettre en évidence que l’assurance d’un génotypage fiable est obtenue si l’ADN est jugé conforme (concentration >50 ng/μL, 1,7< DO 260/280 nm <2, DO 260/230 nm >1,8) quelles que soient les méthodes de conservation du sang et d’extraction d’ADN. En revanche, la méthode de conservation de l’ADN est une étape plus critique qui nécessite un conditionnement en cryotube et une température de -20°C sur le long terme. Ces informations sont capitales pour proposer une prestation de qualité à des utilisateurs extérieurs pour lesquels nous n’avons aucun regard sur la phase pré-analytique.
Type de document :
Mémoires
Biologie cellulaire. 2015
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Soumis le : mardi 20 juin 2017 - 16:21:56
Dernière modification le : dimanche 1 octobre 2017 - 01:11:24
Document(s) archivé(s) le : vendredi 15 décembre 2017 - 21:38:37

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Catherine Delmau-Laffargue. Mise en place d’une prestation en routine au sein d’un CRB : génotypage par l’étude de SNP d’une collection biologique issue de la recherche clinique. Biologie cellulaire. 2015. 〈dumas-01543318〉

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