Détection des variants de fusion du gène ALK par séquençage massif parallèle ciblé à partir d'ARN et réponse au crizotinib dans les cancers bronchiques non à petites cellules

Résumé : Le but de l’étude était de tester et d’améliorer l’efficacité du séquençage massif parallèle (NGS) à partir d’ARN basé sur des PCR multiplexes (RNA-seq) dans la détection des variants de fusion ALK par rapport à l’immunohistochimie (IHC) et l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans des échantillons de cancer pulmonaire non à petites cellules (CPNPC). 53 échantillons fixés au formol et inclus en paraffine ALK-positifs en FISH et/ou IHC et 23 échantillons ALK-négatifs ont été testés par RNA-seq. Dans un 2e temps, un protocole associant le RNA-seq à une PCR ancrée multiplexe a été évalué sur 10 échantillons en échec après RNA-seq. Un résultat concluant par RNA-seq a été obtenu dans 75% des échantillons. Comparées à l’association IHC/FISH, la sensibilité et la spécificité du RNA-seq étaient respectivement de 80 et 100%. Dans les cas ALK-positifs en IHC et en FISH, le RNA-seq a détecté un réarrangement ALK dans 100% des cas. Le RNA-seq a été plus efficace pour les cas équivoques et/ou borderline en FISH et IHC que pour les cas discordants. Parmi les 10 cas considérés en échec après RNA-seq seul, l’ajout de la PCR ancrée a permis de détecter 3 transcrits de fusion dont un variant CLIP1(12)-ALK(20) jamais décrit auparavant. Au sein des patient traités par crizotinib, la survie sans progression médiane était allongée pour ceux présentant un variant 1 et 2 d’EML4-ALK par rapport à ceux arborant un variant 3a/b (314 vs 192 jours, p = 0,17). Le RNA-seq est efficace au diagnostic des réarrangements ALK des CPNPC et permet l’identification des transcrits de fusion qui pourraient constituer un marqueur pronostique chez ces patients.
Type de document :
Mémoires
Médecine humaine et pathologie. 2017
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Contributeur : Jean-Hugues Morneau <>
Soumis le : mercredi 4 octobre 2017 - 09:38:23
Dernière modification le : lundi 29 octobre 2018 - 23:06:45

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Julian Pinsolle. Détection des variants de fusion du gène ALK par séquençage massif parallèle ciblé à partir d'ARN et réponse au crizotinib dans les cancers bronchiques non à petites cellules. Médecine humaine et pathologie. 2017. 〈dumas-01609830〉

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