Étude des « Topologically Associated Domains (TADs) » dans les anomalies du développement

Résumé : L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière l’existence de domaines chromatiniens dénommés Topologically Associated Domains (TADs), dont l’altération peut être à l’origine d’anomalies du développement. La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation, de nombreuses variations du nombre de copies (CNVs) ainsi détectées restant de signification inconnue. Cependant, l’effet de ces CNVs sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation. Dans le cadre de cette thèse, 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme de signification inconnue, ont été ré-analysés afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs. Par ailleurs, la mise au point d’un protocole de 3C a été réalisée. Une nouvelle interprétation a ainsi été effectuée en utilisant différents jeux de données publiques d’expériences de Hi-C et de marques épigénétiques issues du projet ENCODE, ainsi que de différentes bases de données d’enhancers. Cette étude a mis en évidence une possible altération de TADs chez 7 patients. Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735), concordant avec une étude similaire, montre que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare. De plus, les limites techniques de l’ACPA, ainsi que celles des annotations disponibles dans les bases de données publiques, sont autant d’obstacles à l’interprétation de l’effet des CNVs sur les TADs. Si l’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparait donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée, celle-ci reste complexe, et nécessite une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C.
Type de document :
Mémoires
Médecine humaine et pathologie. 2017
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Contributeur : Bu Carreire Université de Bordeaux <>
Soumis le : vendredi 3 novembre 2017 - 18:08:14
Dernière modification le : jeudi 7 décembre 2017 - 01:16:13
Document(s) archivé(s) le : dimanche 4 février 2018 - 14:38:19

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Aurelien Trimouille. Étude des « Topologically Associated Domains (TADs) » dans les anomalies du développement . Médecine humaine et pathologie. 2017. 〈dumas-01628629〉

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