Approche géographique du risque d'émergence de l'influenza aviaire à H5N1 au sein des élevages de volailles de Thaïlande - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2008

Spatial analysis of H5N1 avian influenza emergence in poultry production units in Thailand

Approche géographique du risque d'émergence de l'influenza aviaire à H5N1 au sein des élevages de volailles de Thaïlande

Résumé

The highly pathogenic avian influenza (HPAI) H5N1 virus remains a worldwide threat to human and animal health, while the mechanisms and factors explaining its epizootic emergence and re-emergence are largely unknown. Several past studies have analysed virus spread and have identified a few risk factors associated to disease occurrence globally, without focusing on emerging foci. In order to efficiently control the dissemination of the epizootics in poultry, the most important action consists now in the identification and characterization of emergence sites, including their environment and human contexts. Data from Thailand, a country that experienced significant epizootic waves and has recorded positive cases of HPAI since 2004, are used here to study the process of emergence through a spatial approach. This work completes the analyses conducted by Souris M. et al. in 2007-2008 with regard to randomness of spatial distribution of emergence foci. After data integration in a geographic information system, sites where epizootics originate are filtered from those to which virus subsequently spreads using screening procedures that involve date, location and geographical arrangement of epizootic cases. Discrimination of both groups of foci is analyzed for different combinations of time and distance, using geostatistical tests and several environmental factors. The most suitable combination for the identification of emergence sites is consequently determined. Distinguishing the process of emergence from the dissemination one allows us in a last stage to identify potential environmental or anthropogenic conditions that are specifically associated to an increasing risk of emergence, such as rice paddies localized along the Central plains of Thailand and which previously supported “free-grazing duck” activity. Although the potential of virus introduction by wild birds cannot be ignored in other contexts, our results suggest that poultry infection emergence is more likely associated with specific human (commercial and raising) practices. Finally, using spatio-temporal analysis and environmental factors for the characterization of emergence or reemergence sites appears to be a suitable approach to improve the statistical analysis on HPAI risk in the future.
L’influenza aviaire hautement pathogène (HPAI) du type H5N1 constitue toujours un danger majeur pour la santé humaine comme animale, tandis que les mécanismes d’émergence et de ré-émergence de la maladie restent largement méconnus. Plusieurs études antérieures se sont intéressées au processus de diffusion du virus et ont mis en évidence certains facteurs de risque associés à la maladie en général, sans que les foyers émergents ne soient étudiés à part entière. En vue de contrôler efficacement la propagation des épizooties chez les volailles, l’une des actions prioritaires consiste à présent à identifier et à caractériser les lieux d’émergence et leur contexte environnemental et humain. Dans cette étude rétrospective, des données épidémiologiques de Thaïlande, pays qui a connu des vagues épizootiques successives importantes et qui a mis en place un système de report des cas positifs depuis 2004, sont utilisées pour analyser le processus d’émergence au travers d’une approche spatiale. Cette étude complète les travaux relatifs au caractère aléatoire de la distribution spatiale des foyers d’émergence, menés pas Souris M. et al. en 2007-2008. Après intégration des données dans un système d’information géographique, les lieux d’émergence sont séparés des sites où le virus diffuse ultérieurement au moyen de méthodes de sélection faisant intervenir la date, la position, et l’arrangement géographique des foyers. Une analyse de la discrimination entre ces deux groupes de foyers est conduite pour différentes combinaisons de temps et de distance, au moyen de tests géostatistiques et de divers facteurs environnementaux. Cette procédure permet d’identifier la combinaison discriminant le mieux les sites d’émergence. Le fait de distinguer les processus d’émergence et de diffusion permet, dans une dernière phase d’analyse, de mettre en évidence d’éventuels facteurs environnementaux ou anthropiques liés à une augmentation du risque d’émergence, tels que les zones rizicoles de la Plaine centrale de Thaïlande où se concentrait auparavant une forte activité de libre parcours des canards. Bien que le potentiel d’introduction du virus par les oiseaux sauvages ne peut être ignoré dans d’autres contextes, nos résultats suggèrent que l’émergence du virus dans les unités de production avicole de Thaïlande est probablement davantage liée à des pratiques humaines d’élevage et commerciales spécifiques ou occasionnelles. D’une manière générale, l’étude a démontré l’utilité d’une approche spatio-temporelle et environnementale combinée pour la caractérisation des lieux d’émergence et de ré-émergence, ouvrant des perspectives nouvelles dans l’analyse du risque d’HPAI.
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  • HAL Id : dumas-01644493 , version 1

Citer

Victoria Corvest. Approche géographique du risque d'émergence de l'influenza aviaire à H5N1 au sein des élevages de volailles de Thaïlande. Géographie. 2008. ⟨dumas-01644493⟩
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