Validation fonctionnelle du rôle des miARNs dans la tolérance au phénanthrène chez Spartina : Utilisation d’Arabidopsis en système hétérologue - DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance Accéder directement au contenu
Mémoires Année : 2018

Functional validation of miRNAs potentially involved in Spartina phenanthrene tolerance: study in Arabidopsis as heterologous system

Validation fonctionnelle du rôle des miARNs dans la tolérance au phénanthrène chez Spartina : Utilisation d’Arabidopsis en système hétérologue

Résumé

The study of mechanisms by which plants tolerate environmental pollutants represents a major line of research in the prospect of environmental remediation. This internship project is based on the small-RNAseq data analysis of recently annotated MIR genes differentially expressed under PAH stress in Spartina (Poaceae, Chloridoideae). In order to confirm the function of differentially expressed miRNA families, we studied the effect of their mutation on Arabidopsis homologues. The validation of the sequencing data was performed by RT-qPCR and a set of candidate MIR genes was selected in order to identify mutant lines in Arabidopsis. A library of homozygous T-DNA mutant seeds corresponding to 31 lines (knock-out or knock-down mutants) of both MIR genes and targets of interest has been constituted. Phenotypic screening of phenanthrene effect over development of their primary root has shown phenotypes displaying hypersensitivity or tolerance, respectively associated to MIR156 and MIR159. The results of an inverse approach using miPEP treatments that specifically induce the overexpression of wild-type MIR genes seems to confirm these observations.
L’étude des mécanismes de tolérance des plantes aux polluants environnementaux représente aujourd’hui un axe de recherche majeur dans une perspective de dépollution environnementale. Le projet de stage repose sur l’analyse de miARNs récemment annotés chez Spartina (Poaceae, Chloridoideae) et différentiellement exprimés en condition de stress par les HAPs selon des données small-RNAseq. Afin de valider la fonction des familles de miARNs différentiellement exprimés chez Spartina, l’effet de la mutation de leurs homologues chez Arabidopsis a été étudié. La validation des données de séquençage a été réalisée en RT-qPCR et un ensemble de gènes MIR candidats ont été sélectionnés afin d’identifier des lignées mutantes chez Arabidopsis. Une banque de graines mutantes T-DNA homozygotes correspondant à 31 lignées (mutants knock-out ou knock-down) de gènes MIR et cibles d’intérêts a été constituée. Un criblage phénotypique de l’effet du phénanthrène sur le développement de leur racine primaire a permis de mettre en évidence des phénotypes d’hypersensibilité et de tolérance associées respectivement aux MIR156 et MIR159. Les résultats d’une approche inverse par des traitements miPEP qui induisent spécifiquement la surexpression des gènes MIR sauvage semblent confirmer ces observations.
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dumas-01972430 , version 1 (07-01-2019)

Identifiants

  • HAL Id : dumas-01972430 , version 1

Citer

Loup Tran van Canh. Validation fonctionnelle du rôle des miARNs dans la tolérance au phénanthrène chez Spartina : Utilisation d’Arabidopsis en système hétérologue. Sciences du Vivant [q-bio]. 2018. ⟨dumas-01972430⟩
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